 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 870 | 回復(fù): 5 | |||
[求助]
分子動力學(xué)開始瞬間，整個體系突然縮小 已有1人參與
|
|
我將所研究的系統(tǒng)放在一個立方體水箱中，做了20000步優(yōu)化之后，從0K逐步升溫，每次升溫30K， 跑5000步，但是在優(yōu)化完成后開始跑分子動力學(xué)的瞬間，整個水箱（包括里面的研究體系）突然縮小，從VMD的動畫中可以明顯看出。 不知道這是否是正�，F(xiàn)象，如果不是，究竟是何原因?qū)е碌�，如何解決，不知道有沒有人遇到過類似的問題？ 謝謝大家！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
085410 一志愿211 22408分?jǐn)?shù)359求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
271求調(diào)劑
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
385分 生物學(xué)（071000）求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿安徽大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)碩，331分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
318求調(diào)劑，計算材料方向
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有25人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
2樓2014-07-27 09:52:22
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
3樓2014-07-27 09:53:18
|
您好！感謝您的回復(fù)，我的conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # the whole complex in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 300 set outputname whole_out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_na.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 152.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 158.9 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 152.6 cellOrigin -52.6 -16.9 -29.8 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 20000 for { set TEMP 0 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 30 } { reinitvels $TEMP langevinTemp $TEMP run 5000 } reinitvels $temperature langevinTemp 300 langevinPistonTemp 300 run 1000000 ;# 2ns |
4樓2014-07-27 12:08:34
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
【答案】應(yīng)助回帖
★
我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:44:43
我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:44:43
|
哦，我只通過lammps和xmd，你的conf文件到是能看明白，一般我們做md，確定完lattice和結(jié)構(gòu)后，應(yīng)該先relax一下，就是minimum energy 一下，然后按照你的問題是做npt 或者nvt 等，出上述外，一般我會先在計算的初始溫度處做足夠長時間的，一般是10ps左右的的npt or nvt，然后才開始進(jìn)行計算。當(dāng)然最重要的是先確定采用的相互作用勢是不是對的，就這些經(jīng)驗吧，以后共同交流 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
5樓2014-07-27 20:34:02
6樓2014-07-27 20:48:49
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 我愛問路 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 建環(huán)，能源，土木老師路過看一看�。�！ +4 | 嘿嘿uu 2026-04-01 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0817化工學(xué)碩調(diào)劑 +11 | 努力上岸中！ 2026-03-31 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 08生物與醫(yī)藥專碩初試346找調(diào)劑 +4 | dianeeee 2026-04-01 | 5/250 |
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-30 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +11 | 藍(lán)月亮亮 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +5 | 小懶蟲不懶了 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +5 | FZAC123 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求生物學(xué)調(diào)劑 +7 | 15172915737 2026-04-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | hyzzzzzzz. 2026-04-01 | 9/450 |
|
|
|
[論文投稿]
chinese chemical letters英文版投稿求助
 120+4
|
Yishengeryi 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿大連理工大學(xué)，機械工程學(xué)碩，341 +3 | 西瓜田的守望者 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑 +8 | 披星河 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 一志愿大連理工大學(xué)材料求調(diào)劑
+6
|
Gymno 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科211總分289，08工學(xué)真心求調(diào)劑 +3 | utopiaE 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工專碩378求調(diào)劑 +3 | 塔比烏斯 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 抱歉 +4 | 田洪有 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
304材料求調(diào)劑
+5
|
鐘llll 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +13 | 是妍子也是研子 2026-03-30 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +8 | RuiFairyrui 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +5 | 求求讓我有書讀?/a> 2026-03-26 | 6/300 |
|