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liutingtina木蟲 (小有名氣)
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[求助]
autodock柔性對(duì)接缺少M(fèi)AP文件相關(guān)問題 已有2人參與
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grid之前都很順利，不過在dock的時(shí)候說是缺少SA.map文件，具體的見圖 哪位大俠能幫幫我，不勝感激�。� grid.gpf.png autodock-sorry.png |
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聶安政521
新蟲 (初入文壇)
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liutingtina
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3樓2014-08-01 10:27:50
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在gpf文件里面的原子類型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。這個(gè)錯(cuò)誤是因?yàn)槟愕呐潴w中含有S，但是gpf文件中默認(rèn)的原子類型不包括SA。 不建議用autodock，可以試試vina，無需預(yù)先生成grid文件，計(jì)算速度是autodock的10倍到100倍，準(zhǔn)確度提高了一倍到80%。 也可以試試LeDock（http://lephar.com），計(jì)算速度與vina相當(dāng)，不過更準(zhǔn)確，使用更為簡(jiǎn)便（無需將配體Mol2轉(zhuǎn)換成pdbqt文件，輸出時(shí)含有所有的氫原子），有windows下的圖形界面，免安裝。BioMS論壇（http://bioms.org）上有個(gè)LeDock專區(qū)，有不少介紹使用的帖子。 |
4樓2014-08-02 18:06:31
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