 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2405 | 回復(fù): 8 | |||
liutingtina木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
autodock柔性對接缺少MAP文件相關(guān)問題 已有2人參與
|
|
grid之前都很順利，不過在dock的時候說是缺少SA.map文件，具體的見圖 哪位大俠能幫幫我，不勝感激！！ grid.gpf.png autodock-sorry.png |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 AutoDock問題匯總 |
» 猜你喜歡
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
環(huán)境領(lǐng)域全國重點實驗室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26博士申請
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- autodock對接的氫鍵
已經(jīng)有7人回復(fù)
- autodock柔性對接
已經(jīng)有5人回復(fù)
- Autodock對接構(gòu)象準(zhǔn)確性的評價——RMSD
已經(jīng)有10人回復(fù)
- AutoDock、Vina使用中的一些問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教關(guān)于AUTODOCK做虛i擬篩選的問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 用autodock對接，用什么軟件定點突變蛋白質(zhì)
已經(jīng)有14人回復(fù)
- AUTODOCK 分子對接 gpf對接參數(shù)問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- autodock對接時蛋白的處理問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 用autodock做對接，box設(shè)置無法包括受體活性區(qū)域和配體
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 使用autodock4.2處理分子對接問題，在run autogrid時總是出錯，請各位高人指點��？？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- AUTODOCK對接步驟求助(附圖）
已經(jīng)有7人回復(fù)
- AutoDock產(chǎn)生的結(jié)果dlg文件轉(zhuǎn)化成pdb文件
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 用AutoDock對接的結(jié)合能較小，可能是什么原因？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Autodock對接構(gòu)象有問題，請教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步無法對接,弄了幾天!
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】求助：怎樣將Autodock做出來的對接圖保存成pdb格式？謝謝
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】Autodock運行時無法生成log文件？
已經(jīng)有12人回復(fù)
2樓2014-07-31 21:10:52
liutingtina
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1453.5
- 帖子: 57
- 在線: 41.8小時
- 蟲號: 1170122
- 注冊: 2010-12-14
- 專業(yè): 色譜分析
3樓2014-08-01 10:27:50
|
在gpf文件里面的原子類型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。這個錯誤是因為你的配體中含有S，但是gpf文件中默認(rèn)的原子類型不包括SA。 不建議用autodock，可以試試vina，無需預(yù)先生成grid文件，計算速度是autodock的10倍到100倍，準(zhǔn)確度提高了一倍到80%。 也可以試試LeDock（http://lephar.com），計算速度與vina相當(dāng)，不過更準(zhǔn)確，使用更為簡便（無需將配體Mol2轉(zhuǎn)換成pdbqt文件，輸出時含有所有的氫原子），有windows下的圖形界面，免安裝。BioMS論壇（http://bioms.org）上有個LeDock專區(qū)，有不少介紹使用的帖子。 |
4樓2014-08-02 18:06:31
liutingtina
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1453.5
- 帖子: 57
- 在線: 41.8小時
- 蟲號: 1170122
- 注冊: 2010-12-14
- 專業(yè): 色譜分析
5樓2014-08-04 09:26:05
6樓2014-08-04 17:18:57
liutingtina
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1453.5
- 帖子: 57
- 在線: 41.8小時
- 蟲號: 1170122
- 注冊: 2010-12-14
- 專業(yè): 色譜分析
7樓2014-08-05 10:31:49
8樓2014-10-29 16:19:12
9樓2014-10-29 16:28:38
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 liutingtina 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +3 | 簡單點0 2026-03-17 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +5 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +11 | 大米飯！ 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287 +3 | 小李0854 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請 +6 | zlingli 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856專碩279求調(diào)劑 +5 | 加油加油！? 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 本科南京大學(xué)一志愿川大藥學(xué)327 +3 | 麥田耕者 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +4 | 威化餅07 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 四川大學(xué)085601材料工程專碩 初試294求調(diào)劑 +4 | 祝我們好在冬天 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +7 | 無懈可擊的巨人 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請求調(diào)劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)考研312分調(diào)劑 +3 | T123 tt 2026-03-12 | 3/150 |
|