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liutingtina木蟲 (小有名氣)
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[求助]
autodock柔性對接缺少MAP文件相關(guān)問題 已有2人參與
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grid之前都很順利，不過在dock的時候說是缺少SA.map文件，具體的見圖 哪位大俠能幫幫我，不勝感激！！ grid.gpf.png autodock-sorry.png |
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 AutoDock問題匯總 |
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9樓2014-10-29 16:28:38
2樓2014-07-31 21:10:52
liutingtina
木蟲 (小有名氣)
- 應助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1453.5
- 帖子: 57
- 在線: 41.8小時
- 蟲號: 1170122
- 注冊: 2010-12-14
- 專業(yè): 色譜分析
3樓2014-08-01 10:27:50
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在gpf文件里面的原子類型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。這個錯誤是因為你的配體中含有S，但是gpf文件中默認的原子類型不包括SA。 不建議用autodock，可以試試vina，無需預先生成grid文件，計算速度是autodock的10倍到100倍，準確度提高了一倍到80%。 也可以試試LeDock（http://lephar.com），計算速度與vina相當，不過更準確，使用更為簡便（無需將配體Mol2轉(zhuǎn)換成pdbqt文件，輸出時含有所有的氫原子），有windows下的圖形界面，免安裝。BioMS論壇（http://bioms.org）上有個LeDock專區(qū)，有不少介紹使用的帖子。 |
4樓2014-08-02 18:06:31
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