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[求助]
關(guān)于編碼區(qū)、CDS、開放閱讀框的糾結(jié) 已有4人參與
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查了網(wǎng)上的相關(guān)資料，但是沒有解決本人的疑惑，這里向大家求助，謝謝！ 1、編碼區(qū)與CDS是同一個(gè)概念嗎？因?yàn)榫幋a區(qū)包含內(nèi)含子和外顯子，但是cds只包含起始密碼到終止密碼的序列，所以應(yīng)該不是同一個(gè)概念吧？ 2、CDS與開放閱讀框的區(qū)別？查了網(wǎng)上的相關(guān)資料，但是仍舊有疑問，為什么CDS可以包括很多個(gè)開放閱讀框？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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lmc2537: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-08-02 11:03:33
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圖片來自wiki 圖中序列為 ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA 假設(shè)這是某種基因的CDS。那么在這段序列中，由圖所示，會(huì)出現(xiàn)三種始于ATG終于終止子的片段，由于這三種都有可能翻譯成氨基酸，所以你可以說這段序列有三種可能的ORF。但是在基因中真正翻譯出來的只有1，那么當(dāng)你說這段基因的CDS的時(shí)候，只能是1. |
13樓2014-08-01 20:36:56
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
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gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
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不。ORF不是CDS。 CDS的定義是對(duì)的，即CDS是已知的一個(gè)基因上確確實(shí)實(shí)翻譯成蛋白質(zhì)的區(qū)段。 ORF則是指，任意一段序列，只要起于ATG止于終止子，都可以叫做ORF。ORF是一種預(yù)測(cè)，而不是一種已知的翻譯區(qū)。即隨意寫下一段DNA序列，只要以三個(gè)堿基為單位能找到ATG和終止子，就可以稱作ORF，這段ORF甚至可能不是一段真正存在的DNA序列，但是它仍然是ORF。一段序列是可以有多個(gè)ORF的，只有當(dāng)ORF符合已知的可翻譯成蛋白的序列時(shí)，才能等同于CDS。 |
10樓2014-08-01 18:13:06
ssssllllnnnn 
至尊木蟲 (知名作家)
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【答案】應(yīng)助回帖
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10樓對(duì)ORF的解釋是對(duì)的。 Definition: A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain. Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF. Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc. An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene. Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute CDS: The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery. ORF和CDS的比較： CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed. |
15樓2014-08-01 22:56:37
4樓2014-07-31 22:15:22
gyesang
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【答案】應(yīng)助回帖
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lmc2537(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-01 10:32:22
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lmc2537(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-01 10:32:22
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1. 基因的編碼區(qū)(Coding region），亦稱為“編碼序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中編碼蛋白質(zhì)的那部分序列。 以上幾個(gè)術(shù)語對(duì)應(yīng)的是同一段序列，無論是在mRNA層面還是在含有內(nèi)含子的DNA序列層面理解 2. CDS也等同于ORF（open reading frame）是編碼蛋白質(zhì)的序列，以ATG開始--終止密碼子結(jié)束。 |
3樓2014-07-31 20:17:26
14樓2014-08-01 20:46:45
liuderong
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gyesang
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