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lmc2537

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[求助] 關(guān)于編碼區(qū)、CDS、開放閱讀框的糾結(jié) 已有4人參與

查了網(wǎng)上的相關(guān)資料，但是沒有解決本人的疑惑，這里向大家求助，謝謝！

1、編碼區(qū)與CDS是同一個(gè)概念嗎？因?yàn)榫幋a區(qū)包含內(nèi)含子和外顯子，但是cds只包含起始密碼到終止密碼的序列，所以應(yīng)該不是同一個(gè)概念吧？

2、CDS與開放閱讀框的區(qū)別？查了網(wǎng)上的相關(guān)資料，但是仍舊有疑問，為什么CDS可以包括很多個(gè)開放閱讀框？

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1樓 2014-07-31 17:58:35

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lmc2537: 金幣+2, ★★★很有幫助 2014-08-02 11:03:33

引用回帖:

12樓: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 19:25:19
謝謝你的解答，那么CDS可包括多個(gè)ORF這句話怎么理解呢？因?yàn)榘茨闼fORF包括ATG和終止子，CDS也是包括ATG和終止子的，那么CDS為什么可以包括多個(gè)ORF?...

圖片來(lái)自wiki

圖中序列為
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假設(shè)這是某種基因的CDS。那么在這段序列中，由圖所示，會(huì)出現(xiàn)三種始于ATG終于終止子的片段，由于這三種都有可能翻譯成氨基酸，所以你可以說這段序列有三種可能的ORF。但是在基因中真正翻譯出來(lái)的只有1，那么當(dāng)你說這段基因的CDS的時(shí)候，只能是1.

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13樓2014-08-01 20:36:56

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引用回帖:

7樓: Originally posted by gyesang at 2014-08-01 14:46:36
實(shí)際上，CDS和ORF是一個(gè)意思
CDS可包括多個(gè)ORF這句話是錯(cuò)誤的...

不。ORF不是CDS。

CDS的定義是對(duì)的，即CDS是已知的一個(gè)基因上確確實(shí)實(shí)翻譯成蛋白質(zhì)的區(qū)段。

ORF則是指，任意一段序列，只要起于ATG止于終止子，都可以叫做ORF。ORF是一種預(yù)測(cè)，而不是一種已知的翻譯區(qū)。即隨意寫下一段DNA序列，只要以三個(gè)堿基為單位能找到ATG和終止子，就可以稱作ORF，這段ORF甚至可能不是一段真正存在的DNA序列，但是它仍然是ORF。一段序列是可以有多個(gè)ORF的，只有當(dāng)ORF符合已知的可翻譯成蛋白的序列時(shí)，才能等同于CDS。

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10樓2014-08-01 18:13:06

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gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41

10樓對(duì)ORF的解釋是對(duì)的。

Definition:

A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain.
Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine

A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF.
Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc.

An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene.
Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute

CDS:
The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery.

ORF和CDS的比較：
CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed.

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15樓2014-08-01 22:56:37

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2樓: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 19:39:00
1.編碼區(qū)就是CDS！編碼區(qū)是中文名，不含內(nèi)含子，CDS是英文縮寫，兩者所指內(nèi)容是一樣的。mRNA是包含了起始密碼子前和終止密碼子后的序列的，估計(jì)你把編碼區(qū)理解成mRNA了。
2.開放閱讀框有點(diǎn)類似于外顯子。

我的理解是基因包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)，其中編碼區(qū)包括內(nèi)含子和外顯子，也就是能夠轉(zhuǎn)錄成hnRNA的部分，而CDS與編碼區(qū)感覺不是同一個(gè)概念，編碼區(qū)的概念應(yīng)該比CDS更大，CDS為編碼序列，即mRNA的中間部分，而編碼區(qū)顯然大于mRNA，所以編碼區(qū)包含了編碼序列。

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4樓2014-07-31 22:15:22

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lmc2537(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-01 10:32:22

1. 基因的編碼區(qū)(Coding region），亦稱為“編碼序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中編碼蛋白質(zhì)的那部分序列。
以上幾個(gè)術(shù)語(yǔ)對(duì)應(yīng)的是同一段序列，無(wú)論是在mRNA層面還是在含有內(nèi)含子的DNA序列層面理解

2. CDS也等同于ORF（open reading frame）是編碼蛋白質(zhì)的序列，以ATG開始--終止密碼子結(jié)束。

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3樓2014-07-31 20:17:26

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引用回帖:

13樓: Originally posted by usky_4 at 2014-08-01 20:36:56
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圖中序列為
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假設(shè)這是某種基因的CDS。那么在這段序列中，由圖所示，會(huì)出現(xiàn)三種始于ATG終于終止子的片段，由于這三種都有可能翻譯 ...

還有一點(diǎn)忘了說，你說的CDS包含多個(gè)ORF是不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)恼f法。

雖然在大多數(shù)情況下，一段序列里越長(zhǎng)的ORF越有可能是CDS，但并不是絕對(duì)的。如上所示，如果說2才是真正的CDS的話，那么你的CDS其實(shí)就只有一個(gè)ORF。因?yàn)?和3都不包含在2里面的。

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14樓2014-08-01 20:46:45

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-07-31 20:10:37

1.編碼區(qū)就是CDS！編碼區(qū)是中文名，不含內(nèi)含子，CDS是英文縮寫，兩者所指內(nèi)容是一樣的。mRNA是包含了起始密碼子前和終止密碼子后的序列的，估計(jì)你把編碼區(qū)理解成mRNA了。
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2樓2014-07-31 19:39:00

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3樓: Originally posted by gyesang at 2014-07-31 20:17:26
1. 基因的編碼區(qū)(Coding region），亦稱為“編碼序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中編碼蛋白質(zhì)的那部分序列。
以上幾個(gè)術(shù)語(yǔ)對(duì)應(yīng)的是同一段序列，無(wú)論是在mRNA層面還是在含 ...

按照版主的說法的話，那么CDS可包括多個(gè)ORF這句話是錯(cuò)誤的？

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5樓2014-07-31 22:17:09

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4樓: Originally posted by lmc2537 at 2014-07-31 22:15:22
我的理解是基因包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)，其中編碼區(qū)包括內(nèi)含子和外顯子，也就是能夠轉(zhuǎn)錄成hnRNA的部分，而CDS與編碼區(qū)感覺不是同一個(gè)概念，編碼區(qū)的概念應(yīng)該比CDS更大，CDS為編碼序列，即mRNA的中間部分，而編碼區(qū)顯 ...

是你理解錯(cuò)了！編碼區(qū)是能翻譯蛋白的區(qū)段，不會(huì)有內(nèi)含子。

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6樓2014-07-31 22:36:08

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5樓: Originally posted by lmc2537 at 2014-07-31 22:17:09
按照版主的說法的話，那么CDS可包括多個(gè)ORF這句話是錯(cuò)誤的？...

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7樓2014-08-01 14:46:36

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6樓: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 22:36:08
是你理解錯(cuò)了！編碼區(qū)是能翻譯蛋白的區(qū)段，不會(huì)有內(nèi)含子。...

那么轉(zhuǎn)錄成hnRNA的這部分序列，在DNA上叫什么？

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8樓2014-08-01 16:15:49

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8樓: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 16:15:49
那么轉(zhuǎn)錄成hnRNA的這部分序列，在DNA上叫什么？...

在起始密碼子和終止密碼子之間的序列，能翻譯蛋白的就叫外顯子，其他的是內(nèi)含子。起始密碼子前就是3‘-UTR，終止密碼子后是5’-UTR。

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9樓2014-08-01 16:23:34

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[求助] 關(guān)于編碼區(qū)、CDS、開放閱讀框的糾結(jié) 已有4人參與