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關(guān)于芽孢桿菌16S rRNA鑒定的疑問(wèn) 已有2人參與
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我想用PCR的方法鑒定幾種芽孢桿菌 枯草芽孢桿菌 我在NCBI的Nucleotide里直接輸Bacillus subtills直接彈出來(lái)的就是【Bacillus subtilis strain N7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence】 我是直接在這個(gè)序列上設(shè)計(jì)引物就能P出我要的枯草芽孢桿菌嗎 因?yàn)槲也惶宄业目莶莸降资悄姆N亞型 我還要鑒定 蘇云金芽孢桿菌 在Nucleotide輸入Bacillus thuringiensis 直接彈出來(lái)的是【Bacillus thuringiensis VipS gene, complete cds】的序列 這個(gè)序列可以特異性的鑒定蘇云金嗎？？ 直接彈出的結(jié)果是不是表示沒(méi)有16s rRNA的序列呢？ 我還要鑒定蠟樣芽孢桿菌 但在NCBI里面搜關(guān)鍵詞 結(jié)果有很多 其中有個(gè)【Bacillus cereus NC7401 genomic DNA, complete genome】 我可以在里面找到16S的序列直接設(shè)計(jì)引物做PCR鑒定我的蠟樣芽孢桿菌嗎？ 小女子不是學(xué)微生物的 現(xiàn)在需要鑒定 有很多困惑 還希望各位前輩多多指點(diǎn) 我只用生理生化的方法鑒定到某個(gè)種 是不是只有到亞種才能PCR��？ 還有 我是在一個(gè)混合的環(huán)境微生物里面篩這些 培養(yǎng)的方法貌似不是很靠譜 我確定所有樣本里面都有 但是并不是所有的樣本都可以培養(yǎng)的出來(lái) 希望各位大神獻(xiàn)計(jì)獻(xiàn)策 謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zoeye: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-08-05 08:37:17
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zoeye: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-08-05 08:37:17
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貌似芽孢桿菌一些種的16s序列幾乎完全一致，如果是想設(shè)計(jì)特異性引物區(qū)別這三個(gè)種的話，需要對(duì)它們的序列進(jìn)行比對(duì)，在差異區(qū)域設(shè)計(jì)各個(gè)種的特異引物（不太清楚這三個(gè)鐘16s序列差異多大）。 特異性pcr只能提供一個(gè)初步的證據(jù)（基于16s序列的特異性引物需要好好考慮了，因?yàn)?6s序列還是相當(dāng)保守的）。你可以查閱相關(guān)文獻(xiàn)，基于其它基因或序列的特異性引物應(yīng)該是存在的。 如果是對(duì)16s進(jìn)行測(cè)序的話，有幾對(duì)16s保守引物的，如27f/1492r。但是對(duì)芽孢桿菌來(lái)說(shuō)，僅根據(jù)16s序列是很難鑒定到種的。需要結(jié)合其它證據(jù)，如MLSA。 |
4樓2014-08-05 08:36:03
zhaozhibozhi
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加點(diǎn)背景：從分類上而言，細(xì)菌特定群體（屬、種、亞種、血清型、致病變種或者某個(gè)種下的某個(gè)群體等等）表現(xiàn)為一系列相似的特征，理論上可以用特定的指標(biāo)將其與其它細(xì)菌區(qū)分開(kāi)來(lái)。 所謂特異性引物，是根據(jù)微生物基因組序列的差異（某個(gè)基因或片段）設(shè)計(jì)引物，電泳檢測(cè)PCR片段時(shí)，只有供試微生物才能出現(xiàn)目的片段，而其它任何近緣、遠(yuǎn)緣微生物都不能擴(kuò)增到目的片段。 設(shè)計(jì)特異性引物，特異是重點(diǎn)。一般先在序列數(shù)據(jù)庫(kù)中檢測(cè)其特異性（如NCBI-Primer BLAST），還要拿近緣物種的擴(kuò)增結(jié)果驗(yàn)證其特異性。當(dāng)然，適于你的樣品的一套程序肯定得建立起來(lái)（包括樣品處理方法、PCR體系和反應(yīng)程序等）。這方面的文章很多。 你的問(wèn)題：“基因組上P？”——PCR體系中，需要模版DNA（微生物特異性PCR，一般需要基因組作模版）。你可能需要提取DNA，或者簡(jiǎn)單的微生物破壁過(guò)程就可以了（破壞細(xì)胞壁，釋放DNA。如沸水�。�。 “微生物基因組差異”——有很多保守的區(qū)域，但有相當(dāng)一部分區(qū)別很大（根據(jù)親緣關(guān)系）。具體多大，不同物種相比較，結(jié)果是不同的；很難給個(gè)準(zhǔn)確數(shù)值。不同物種進(jìn)行DNA-DNA雜交，相似度基本<70%。有時(shí)，同一種下不同群體之間都會(huì)有相當(dāng)大的差異的�？傊町愂怯械�。 |
12樓2014-08-06 15:33:16
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-08-04 15:29:37
3樓2014-08-04 15:35:34
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我找到了16S rRNA的序列先肥西可變區(qū)和保守區(qū)嗎？ 我將NCBI里面的16S rRNA全長(zhǎng)進(jìn)行Blast 我的目的菌種的相似度是100% 其他都是按照99%依次往下的相似度排列的 那我可以P這個(gè)16S的全長(zhǎng)來(lái)鑒定嗎 我關(guān)注的是4個(gè)菌 這4個(gè)菌相似度很高 但在NCBI里面BLAST全長(zhǎng) 都是只有一個(gè)100% 其中還有一個(gè)100%是炭疽芽胞桿菌 這個(gè)顯然不是我要的 那我可以P全長(zhǎng)來(lái)鑒定嗎？ 期待您的回復(fù) PS:MLSA是什么？我搜了文獻(xiàn) 有的是P一個(gè)基因 比如 有的文獻(xiàn)寫的利用gyrA基因鑒定枯草芽孢桿菌？ 我就想問(wèn)了 不是所有菌都有這個(gè)基因嗎？而且gyrA基因鑒定的竟然是枯草桿菌屬嗎？ 不是某個(gè)亞型？怎么聽(tīng)起來(lái)那么不靠譜呢？ |
5樓2014-08-05 08:43:38
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我找到了16S rRNA的序列區(qū)別可變區(qū)和保守區(qū)嗎？軟件？ 我將NCBI里面的16S rRNA全長(zhǎng)進(jìn)行Blast 我的目的菌種的相似度是100% 其他都是按照99%依次往下的相似度排列的 那我可以P這個(gè)16S的全長(zhǎng)來(lái)鑒定嗎 我關(guān)注的是4個(gè)菌 這4個(gè)菌相似度很高 但在NCBI里面BLAST全長(zhǎng) 都是只有一個(gè)100% 其中還有一個(gè)100%是炭疽芽胞桿菌 這個(gè)顯然不是我要的 那我可以P全長(zhǎng)來(lái)鑒定嗎？ 期待您的回復(fù) PS:MLSA是什么？我搜了文獻(xiàn) 有的是P一個(gè)基因 比如 有的文獻(xiàn)寫的利用gyrA基因鑒定枯草芽孢桿菌？ 我就想問(wèn)了 不是所有菌都有這個(gè)基因嗎？而且gyrA基因鑒定的竟然是枯草桿菌屬嗎？ 不是某個(gè)亞型？怎么聽(tīng)起來(lái)那么不靠譜呢？ |
6樓2014-08-05 09:03:08
zhaozhibozhi
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首先，你的目的？ 如果是在不存在其它任何環(huán)境微生物存在的情況下，僅為了區(qū)別這四種菌，任何生化或序列的差異都是可行的。如果4個(gè)菌16s序列有差異，可以在差異區(qū)域設(shè)計(jì)引物，以區(qū)別之。因?yàn)?6s序列的高度保守性，Bacillus某些種的序列極相似，有時(shí)僅1-2堿基差異，僅通過(guò)PCR產(chǎn)物有無(wú)或片段大小可能不太可行。當(dāng)然，可以近全長(zhǎng)測(cè)序（27F/1492r）,通過(guò)序列比對(duì)來(lái)區(qū)分。 PS: MLSA是結(jié)合多個(gè)保守基因（gyrA是一個(gè)保守housekeeping gene）。想通過(guò)單個(gè)基因（比如16s、比如gyrA）鑒定到種，通常是不太靠譜的。 難道你說(shuō)的“亞型”是species，subspecies？？？ |
7樓2014-08-05 09:44:26
8樓2014-08-05 14:27:24
9樓2014-08-05 14:28:34
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10樓2014-08-05 18:42:32
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