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[求助]
關于芽孢桿菌16S rRNA鑒定的疑問 已有2人參與
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我想用PCR的方法鑒定幾種芽孢桿菌 枯草芽孢桿菌 我在NCBI的Nucleotide里直接輸Bacillus subtills直接彈出來的就是【Bacillus subtilis strain N7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence】 我是直接在這個序列上設計引物就能P出我要的枯草芽孢桿菌嗎 因為我不太清楚我的枯草到底是哪種亞型 我還要鑒定 蘇云金芽孢桿菌 在Nucleotide輸入Bacillus thuringiensis 直接彈出來的是【Bacillus thuringiensis VipS gene, complete cds】的序列 這個序列可以特異性的鑒定蘇云金嗎？？ 直接彈出的結果是不是表示沒有16s rRNA的序列呢？ 我還要鑒定蠟樣芽孢桿菌 但在NCBI里面搜關鍵詞 結果有很多 其中有個【Bacillus cereus NC7401 genomic DNA, complete genome】 我可以在里面找到16S的序列直接設計引物做PCR鑒定我的蠟樣芽孢桿菌嗎？ 小女子不是學微生物的 現在需要鑒定 有很多困惑 還希望各位前輩多多指點 我只用生理生化的方法鑒定到某個種 是不是只有到亞種才能PCR啊？ 還有 我是在一個混合的環(huán)境微生物里面篩這些 培養(yǎng)的方法貌似不是很靠譜 我確定所有樣本里面都有 但是并不是所有的樣本都可以培養(yǎng)的出來 希望各位大神獻計獻策 謝謝 |
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9樓2014-08-05 14:28:34
感謝參與，應助指數 +1
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本帖內容被屏蔽 |
2樓2014-08-04 15:29:37
3樓2014-08-04 15:35:34
zhaozhibozhi
金蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 植物病理學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數 +1
zoeye: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-08-05 08:37:17
感謝參與，應助指數 +1
zoeye: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-08-05 08:37:17
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貌似芽孢桿菌一些種的16s序列幾乎完全一致，如果是想設計特異性引物區(qū)別這三個種的話，需要對它們的序列進行比對，在差異區(qū)域設計各個種的特異引物（不太清楚這三個鐘16s序列差異多大）。 特異性pcr只能提供一個初步的證據（基于16s序列的特異性引物需要好好考慮了，因為16s序列還是相當保守的）。你可以查閱相關文獻，基于其它基因或序列的特異性引物應該是存在的。 如果是對16s進行測序的話，有幾對16s保守引物的，如27f/1492r。但是對芽孢桿菌來說，僅根據16s序列是很難鑒定到種的。需要結合其它證據，如MLSA。 |
4樓2014-08-05 08:36:03
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