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chenyanzhen鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
有引物序列，卻找不到對(duì)應(yīng)的目的序列 已有2人參與
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在文獻(xiàn)中找到兩對(duì)引物序列，但是在ncbi-blast中卻找不到其P的序列，哪位高手幫幫忙，急用！ PF1(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR1(5-3)：-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- PF2(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR2(5-3):-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- 參考文獻(xiàn)在附件，謝謝！ |
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- 附件 2 : 應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)研究九龍江口水域米氏凱倫藻的分布.pdf
2014-08-04 11:07:41, 501.02 K
2014-08-04 11:08:01, 678.26 K
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chenyanzhen: 金幣+12, ★★★很有幫助 2014-08-07 11:21:40
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在文獻(xiàn)中看到一對(duì)引物序列，如何知道該對(duì)引物擴(kuò)增產(chǎn)物的大小及序列？方法如下： 1.打開blastn頁面，在輸入框中依次輸入上游引物序列、50-150個(gè)n、下游引物的反向互補(bǔ)序列，在下面organism框中輸入物種拉丁名。 2.在下面program selection選項(xiàng)中選擇Somewhat similar sequences (blastn)項(xiàng)。 3.點(diǎn)擊blast，結(jié)果出來后，查看兩邊粗黑線、中間有灰色細(xì)線連接的比對(duì)結(jié)果，如下圖中紅框中所示。 4.根據(jù)比對(duì)結(jié)果即可知道該對(duì)引物擴(kuò)增的基因名稱、序列及產(chǎn)物大小。如該例中所示：擴(kuò)增產(chǎn)物為 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小為800-578+1=223bp |
12樓2014-08-05 22:21:20
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5樓2014-08-04 20:22:19
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【答案】應(yīng)助回帖
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第二條引物： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
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第三條引物： Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|KF998563.1|Length: 1432Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 1290 to 1308GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Plus Query 1 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 1290 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 1308 |
8樓2014-08-04 20:55:42
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chenyanzhen(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
chenyanzhen(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
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第四條： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
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