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chenyanzhen鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
有引物序列，卻找不到對應的目的序列 已有2人參與
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在文獻中找到兩對引物序列，但是在ncbi-blast中卻找不到其P的序列，哪位高手幫幫忙，急用！ PF1(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR1(5-3)：-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- PF2(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR2(5-3):-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- 參考文獻在附件，謝謝！ |
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- 附件 2 : 應用實時熒光定量PCR技術研究九龍江口水域米氏凱倫藻的分布.pdf
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
chenyanzhen: 金幣+12, ★★★很有幫助 2014-08-07 11:21:40
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在文獻中看到一對引物序列，如何知道該對引物擴增產物的大小及序列？方法如下： 1.打開blastn頁面，在輸入框中依次輸入上游引物序列、50-150個n、下游引物的反向互補序列，在下面organism框中輸入物種拉丁名。 2.在下面program selection選項中選擇Somewhat similar sequences (blastn)項。 3.點擊blast，結果出來后，查看兩邊粗黑線、中間有灰色細線連接的比對結果，如下圖中紅框中所示。 4.根據(jù)比對結果即可知道該對引物擴增的基因名稱、序列及產物大小。如該例中所示：擴增產物為 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小為800-578+1=223bp |
12樓2014-08-05 22:21:20
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第二條引物： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
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第三條引物： Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|KF998563.1|Length: 1432Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 1290 to 1308GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Plus Query 1 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 1290 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 1308 |
8樓2014-08-04 20:55:42
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chenyanzhen(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵熱心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
chenyanzhen(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+5, 鼓勵熱心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
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第四條： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
9樓2014-08-04 20:57:21
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