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基因非翻譯區(qū)（UTR）的分布和功能預(yù)測 已有1人參與
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有對 基因非翻譯區(qū)（UTR）的分布和功能預(yù)測 的軟件嗎？？？ 謝謝 |
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至尊木蟲 (知名作家)
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2樓2014-08-07 09:59:18
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至尊木蟲 (知名作家)
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More MicroRNA target prediction tools. http://www.exiqon.com/microrna-target-prediction |
3樓2014-08-07 10:02:13
4樓2014-08-07 10:15:00
凌波麗
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這就是真核基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測問題，可用的軟件很多，比如：GENESCAN:http://genes.mit.edu.GENESCAN.html,CpGPlot:http://www.ebi.ac.uk.emboss/cpgplot/index.html,也可以用CodonW,DNAstar. 具體軟件用法請見：薛慶中 等，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2012年，第三版，25-39. 下載處： 1.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具_(dá)(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763 2.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121 |
5樓2014-08-07 10:45:57
凌波麗
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實(shí)際上預(yù)測真核基因的結(jié)構(gòu)有很多種預(yù)測方法和免費(fèi)的網(wǎng)站。 具體請參見： 薛慶中 等編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測，其中有GENSCAN（針對基因組ＤＮＡ序列預(yù)測可讀框和基因結(jié)構(gòu)）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介紹，還有CpGplot（CpG島預(yù)測）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（啟動(dòng)子區(qū)域i預(yù)測）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介紹。也介紹了 用軟件CodonW 計(jì)算基因密碼子偏好性，CodonW 能夠在Windows系統(tǒng)下運(yùn)行，可以從http://codonw.sourcerforge.net 下載。 基因功能分類可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 進(jìn)入界面后在基因功能數(shù)據(jù)庫中搜索目的基因可能的生物學(xué)功能，或者特定的生物學(xué)功能有哪些基因可能參與。還可以到 Genecards 數(shù)據(jù)庫去查詢 感興趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息學(xué)參考書： 1.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下載后即可閱讀。 2.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具_(dá)(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下載后好像無法解壓，樓主試試看吧，至少“DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”肯定能夠用。 “DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”都是講的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和生物信息學(xué)軟件的具體應(yīng)用，很容易看懂并且自己上手操作，不過沒有講述各種算法的原理。 |
6樓2014-08-07 10:55:06
7樓2014-08-07 11:28:44
凌波麗
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，有很多問題，沒有人問，我也不會去想去查詢。8樓2014-08-07 11:51:21
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