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請(qǐng)問(wèn)如何判定是否為啟動(dòng)子序列呢？用什么軟件分析？ 已有1人參與
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欲克隆啟動(dòng)子，目前已克隆獲得一段序列，請(qǐng)問(wèn)如何判定是否為啟動(dòng)子序列呢？用什么軟件分析？ plantcare？place？謝謝大神們的幫助！急急急急急。。。。。。 |
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2樓2014-04-26 15:32:43
凌波麗
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【答案】應(yīng)助回帖
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如何查找一段基因序列的啟動(dòng)子？ http://www.gaoyang168.com/html/201306/6059230.html 如何找到啟動(dòng)子（轉(zhuǎn)帖） http://bbs.bbioo.com/thread-17771-1-1.html 我在NCBI上找到的基因并沒(méi)有 啟動(dòng)子區(qū)，請(qǐng)問(wèn)如何獲得所需基因的啟動(dòng)子序列？ 如何查找一個(gè)基因的啟動(dòng)子序列 定義：?jiǎn)?dòng)子是參與特定基因轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控的DNA序列。包含核心啟動(dòng)子區(qū)域和調(diào)控區(qū)域。核心啟動(dòng)子區(qū)域產(chǎn)生基礎(chǔ)水平的轉(zhuǎn)錄，調(diào)控區(qū)域能夠?qū)Σ煌沫h(huán)境條件作出應(yīng)答，對(duì)基因的表達(dá)水平做出相應(yīng)的調(diào)節(jié)。 區(qū)域：?jiǎn)?dòng)子的范圍非常大，可以包含轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游2000bp，有些特定基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)內(nèi)部也存在著轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，因此也屬于啟動(dòng)子范圍。 這項(xiàng)搜尋要從UCSC基因組瀏覽器開(kāi)始，網(wǎng)址為http://genome.ucsc.edu/。以編碼pendrin (PDS)的基因?yàn)槔齺?lái)說(shuō)明上述問(wèn)題。PDS與耳蝸的異常發(fā)育、感覺(jué)神經(jīng)性聽(tīng)力下降以及彌散性甲狀腺增大（甲狀腺腫）有關(guān)。 進(jìn)入U(xiǎn)CSC的主頁(yè)后，在Organism的下拉菜單中選擇Human，然后點(diǎn)擊Browser。使用者現(xiàn)在到了人類基因組瀏覽器入口。本例的搜尋很簡(jiǎn)單：在assembly的下拉菜單中選擇Dec. 2001，在position框中鍵入pendrin，然后點(diǎn)擊Submit。返回的頁(yè)面結(jié)果顯示一個(gè)已知的基因和兩個(gè)mRNA序列。繼續(xù)點(diǎn)擊mRNA序列的登錄號(hào)AF030880，出現(xiàn)包含這個(gè)mRNA區(qū)域的圖解概要。為了獲得這個(gè)區(qū)域更清晰的圖像，點(diǎn)擊緊靠zoom out的1.5X按鈕。最后點(diǎn)擊頁(yè)面中部的reset all按鈕，使各個(gè)路徑的設(shè)置恢復(fù)默認(rèn)狀態(tài)。 然而，對(duì)于本例的搜尋目的來(lái)說(shuō)，默認(rèn)設(shè)置不是理想的設(shè)置。按照視圖利用頁(yè)面底部的Track Controls按紐，將一些路徑設(shè)置為hide模式（即不顯示），其他設(shè)置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設(shè)置為full模式（每個(gè)特征有一個(gè)分開(kāi)的線條，最多達(dá)300）。在考慮這些路徑內(nèi)究竟存在那些資料之前，對(duì)這些路徑的內(nèi)容和表現(xiàn)做一個(gè)簡(jiǎn)要的討論是必要的，許多這些討論是由外界提供給UCSC的。下面是對(duì)基因預(yù)測(cè)方法的更進(jìn)一步討論，這些信息也可以在其他地方找到。 對(duì)于Known Genes（已知基因）和預(yù)測(cè)的基因路徑來(lái)說(shuō)，一般的慣例是以一個(gè)高的垂直線或塊狀表示每個(gè)編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區(qū)。 起連接作用的內(nèi)含子以非常細(xì)的線條表示。翻譯的方向由沿著細(xì)線的箭頭指示。 Known Genes來(lái)自LocusLink內(nèi)的mRNA參照序列，已經(jīng)利用BLAT程序?qū)⑦@些序列與基因組序列進(jìn)行比對(duì)排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路徑是利用Acembly程序?qū)⑷祟恗RNA和EST序列數(shù)據(jù)與人類基因組序列進(jìn)行比對(duì)排列而來(lái)的。Acembly程序試圖找到mRNA與基因組序列的最好的比對(duì)排列以及判斷選擇性剪接模型。假如有多于1個(gè)的基因模型具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，則它們都全部顯示出來(lái)。有關(guān)Acembly的更多信息可以在NCBI的網(wǎng)站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路徑由Ensembl提供。Ensembl基因通過(guò)許多方法來(lái)預(yù)測(cè)，包括與已知mRNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行同源性比較，ab initio基因預(yù)測(cè)使用GENSCAN和基因預(yù)測(cè)HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路徑通過(guò)尋找基因的結(jié)構(gòu)特征來(lái)預(yù)測(cè)基因內(nèi)部的外顯子，例如剪接位點(diǎn)的給位和受位的結(jié)構(gòu)特征，利用一種動(dòng)態(tài)的程序算法推定編碼區(qū)域和推定外顯子5′端和3′端的內(nèi)含子區(qū)域；這個(gè)方法也考慮到蛋白質(zhì)相似性的資料。 Genscan Gene Predictions路徑由GENSCAN方法衍生而來(lái)，通過(guò)這個(gè)方法，可以確定內(nèi)含子、外顯子、啟動(dòng)子區(qū)域和poly(A)信號(hào)。此時(shí)，這個(gè)方法并不期望查詢的序列只出現(xiàn)1個(gè)基因，因此可以對(duì)部分基因或被基因之間的DNA分隔的多個(gè)基因進(jìn)行準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)。 Human mRNAs from Genbank路徑顯示基因庫(kù)的人類mRNAs與基因組序列的比對(duì)排列。 Spliced ESTs和Human EST路徑顯示來(lái)自GenBank的ESTs序列與基因組的序列對(duì)齊比較。由于ESTs通常代表了轉(zhuǎn)錄基因的片斷，一個(gè)EST很有可能對(duì)應(yīng)于某個(gè)外顯子區(qū)。 最后，Repeating Elements by RepeatMasker這個(gè)路徑顯示的是重復(fù)元件，例如散在的或長(zhǎng)或短的核元素(SINEs和LINEs)，長(zhǎng)末端重復(fù)序列(LTRs)和低復(fù)雜性區(qū)域(http://repeatmasker.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker)。一般來(lái)說(shuō)，在將基因預(yù)測(cè)方法應(yīng)用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩飾這些成分。 回到視圖顯示的例子，可以看到大多數(shù)路徑返回了幾乎同樣的基因預(yù)測(cè)結(jié)果。作為一個(gè)規(guī)則，通過(guò)多種方法預(yù)測(cè)的外顯子提高了預(yù)測(cè)的正確率而不會(huì)出現(xiàn)“假陽(yáng)性”結(jié)果。多數(shù)方法顯示3′端非翻譯區(qū)，以左側(cè)大而短的塊狀表示。Acembly路徑顯示除了全長(zhǎng)序列產(chǎn)物（如這個(gè)部分第3條線所示）之外還有3個(gè)可能的選擇性剪接，其它大多數(shù)路徑顯示與此預(yù)測(cè)結(jié)果相符。Genscan路徑從左、右方向往遠(yuǎn)處延伸：GENSCAN可以被用于預(yù)測(cè)多個(gè)基因。 盡管這些圖解概要很有用，然而研究者更需要與這些垂直線或塊狀相對(duì)應(yīng)的序列。以此為例，用Fgenesh++預(yù)測(cè)作為獲得原始序列數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)，但不管選擇哪個(gè)路徑其步驟都是一樣的。點(diǎn)擊標(biāo)有Fgenesh++ Gene Predictions的路徑，出現(xiàn)的是一個(gè)描述預(yù)測(cè)的概要頁(yè)面。 序列的區(qū)域與pendrin基因相似（從這個(gè)例子一開(kāi)始就已經(jīng)知道了）。給出了序列的大小及序列開(kāi)始和結(jié)束的預(yù)測(cè)，并顯示預(yù)測(cè)是以負(fù)鏈為基礎(chǔ)的。想要獲得序列，點(diǎn)擊Genomic Sequence。使用者將被帶到一個(gè)標(biāo)題為Get Genomic Sequence Near Gene的查詢頁(yè)面，在這個(gè)頁(yè)面上，可以獲得轉(zhuǎn)錄物、編碼區(qū)、啟動(dòng)子或轉(zhuǎn)錄物加啟動(dòng)子的序列。 點(diǎn)擊Transcript返回的頁(yè)面顯示完整的轉(zhuǎn)錄子，外顯子以大寫字母表示。 點(diǎn)擊Coding Region Only得到的是編碼區(qū),外顯子以大寫字母表示。 點(diǎn)擊Transcript + Promoter，返回的頁(yè)面顯示的是在上述選擇Transcript所獲序列的5′端添加了啟動(dòng)子序列，以大寫字母表示外顯子。啟動(dòng)子的長(zhǎng)度顯示在文本框內(nèi)。 點(diǎn)擊Promoter返回的頁(yè)面正好是啟動(dòng)子區(qū). 記錄下查找某條基因啟動(dòng)子序列的辛苦過(guò)程(轉(zhuǎn)) 今天接到遙遠(yuǎn)老板的來(lái)電，急需查出某條基因的啟動(dòng)子序列，說(shuō)他第二天早上就要，雖然搜到不少講怎么找啟動(dòng)子的，但總是只言片語(yǔ)，我比較笨搞清別人的含義需要很長(zhǎng)時(shí)間，于是把我折騰了一個(gè)白天，下面就記錄下自己查找啟動(dòng)子的整個(gè)過(guò)程希望對(duì)后來(lái)的兄弟有點(diǎn)幫助： 首先就是想直接查找有沒(méi)有人做過(guò)這條基因的啟動(dòng)子，在pubmed中輸入genename+promoter，返回15條記錄，大概瀏覽了下摘要，很失望沒(méi)有 ; 接著就想看看有沒(méi)有數(shù)據(jù)庫(kù)可以直接給出啟動(dòng)子序列的，很幸運(yùn)竟然發(fā)現(xiàn)一個(gè)極好的啟動(dòng)子搜索講義網(wǎng)站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 其中給出了查找啟動(dòng)子的一般步驟，并且列出了所要用到的工具，興奮！ 第一步就是要找到基因確定基因所在基因組區(qū)域，其中列出很多網(wǎng)站，不過(guò)偶還是習(xí)慣genbank，在gene欄中search某個(gè)基因，不要搞錯(cuò)基因種屬！進(jìn)入后即可看到該基因的詳細(xì)條目，別眼花，就點(diǎn)擊右側(cè)link欄的Map viewer鏈接，進(jìn)入即可看到該基因在染色體上的形象定位，鼠標(biāo)懸停在基因的起始位點(diǎn)時(shí)，即可在瀏覽器下方的狀態(tài)欄中顯示該位點(diǎn)在染色體上的明確定位，比如110997788，結(jié)合給出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概確定該啟動(dòng)子在基因組中的大概定位，即110778899-110997788； 第二步搞清楚基因組狀態(tài)，我沒(méi)搞太清楚，不過(guò)其中給的一個(gè)鏈接來(lái)查出啟動(dòng)子所在克�。ú槌隹寺√�(hào)可以購(gòu)買）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 該鏈接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一個(gè)clonelist； 第三步搜索啟動(dòng)子，其中可以用啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)和啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件，當(dāng)然如果啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)中有最好，但很失望給出的數(shù)據(jù)庫(kù)均不能查到！只好用啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件，使用了幾個(gè)在線預(yù)測(cè)工具后覺(jué)得下面這個(gè)速度賊快，推薦http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把該基因的dna序列submit之后返回了很多個(gè)PolII識(shí)別位點(diǎn)，到底哪個(gè)是呢？我個(gè)人理解啟動(dòng)子應(yīng)該是翻譯起始位點(diǎn)附近，所以在這個(gè)dna序列中定位翻譯起始位點(diǎn)即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2這個(gè)利器，只要把dna和mrna序列粘貼進(jìn)去提交就ok，正好在翻譯起始位點(diǎn)上游幾百bp有個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，ok！啟動(dòng)子序列就是翻譯起始位點(diǎn)上游大概1kb長(zhǎng)度的序列了！ 哈哈，說(shuō)了很多廢話，不過(guò)感覺(jué)把我搜索的整個(gè)過(guò)程詳細(xì)記錄下來(lái)了，斗膽在這里獻(xiàn)丑，希望朋友們別扔磚頭，而且很多地方還值得探討，so請(qǐng)大家指正！ 常用啟動(dòng)子預(yù)測(cè)的分析網(wǎng)址 （轉(zhuǎn)帖） http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm 啟動(dòng)子分為細(xì)菌和真核生物的。 可以在線分析啟動(dòng)子和終止子。 Good Luck ! |
3樓2014-04-26 22:31:30
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4樓2014-04-26 22:34:57
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