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lwk5716鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何確定一段序列中那一部分是啟動(dòng)子 已有3人參與
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各位前輩大家好：我先一個(gè)問題感到不解，我通過抑制差減雜交獲得了一段基因的序列，并且在網(wǎng)上和其同源序列比對(duì)，發(fā)現(xiàn)開放閱讀框是拿到了，3'末端到了polyA，5'末端到了ATG之前的幾個(gè)堿基。我用那這段序列和數(shù)據(jù)庫比對(duì)找到了對(duì)應(yīng)了DNA序列，并且有了ATG前面的6Kb多的序列，但我不知道啟動(dòng)子具體是哪部分，轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)是哪里？請(qǐng)問各位前輩有沒有什么軟件或者網(wǎng)站可以預(yù)測(cè)�。炕蛘哂袥]有什么分子生物學(xué)手段進(jìn)行研究，我想知道它受哪類轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控。謝謝各位前輩了。 |
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biostar2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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你這個(gè)是經(jīng)典的啟動(dòng)子mapping實(shí)驗(yàn) 很簡(jiǎn)單，你可以搞一個(gè)報(bào)告基因系統(tǒng)，Luciferase、CAT、甚至來個(gè)GFP也行。 然后找一個(gè)沒有啟動(dòng)子的表達(dá)載體，Luciferase系統(tǒng)的就是pGL3-Basic應(yīng)該 再把你懷疑有啟動(dòng)子活性的片段裝進(jìn)去 檢測(cè)下游報(bào)告基因是否表達(dá) 用這個(gè)系統(tǒng)，你可以通過不斷的做deletion，找到你這段長(zhǎng)序列里面的核心啟動(dòng)子 看看《分子克隆》第三版，有這些內(nèi)容很詳細(xì)的說明 |
2樓2014-04-01 20:30:22
★
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3樓2014-04-01 23:55:30
lvbobo823
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謝謝你。 6樓2014-04-02 10:06:47
yxwjimmy
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7樓2014-04-02 17:32:50
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8樓2014-04-03 21:08:40
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