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lwk5716鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
如何確定一段序列中那一部分是啟動(dòng)子 已有3人參與
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各位前輩大家好:我先一個(gè)問(wèn)題感到不解,我通過(guò)抑制差減雜交獲得了一段基因的序列,并且在網(wǎng)上和其同源序列比對(duì),發(fā)現(xiàn)開(kāi)放閱讀框是拿到了,3'末端到了polyA,5'末端到了ATG之前的幾個(gè)堿基。我用那這段序列和數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)找到了對(duì)應(yīng)了DNA序列,并且有了ATG前面的6Kb多的序列,但我不知道啟動(dòng)子具體是哪部分,轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)是哪里?請(qǐng)問(wèn)各位前輩有沒(méi)有什么軟件或者網(wǎng)站可以預(yù)測(cè)啊?或者有沒(méi)有什么分子生物學(xué)手段進(jìn)行研究,我想知道它受哪類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控。謝謝各位前輩了。 |
表觀遺傳 |
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
專(zhuān)家顧問(wèn) (正式寫(xiě)手)
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專(zhuān)家經(jīng)驗(yàn): +220 |
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你這個(gè)是經(jīng)典的啟動(dòng)子mapping實(shí)驗(yàn) 很簡(jiǎn)單,你可以搞一個(gè)報(bào)告基因系統(tǒng),Luciferase、CAT、甚至來(lái)個(gè)GFP也行。 然后找一個(gè)沒(méi)有啟動(dòng)子的表達(dá)載體,Luciferase系統(tǒng)的就是pGL3-Basic應(yīng)該 再把你懷疑有啟動(dòng)子活性的片段裝進(jìn)去 檢測(cè)下游報(bào)告基因是否表達(dá) 用這個(gè)系統(tǒng),你可以通過(guò)不斷的做deletion,找到你這段長(zhǎng)序列里面的核心啟動(dòng)子 看看《分子克隆》第三版,有這些內(nèi)容很詳細(xì)的說(shuō)明 |
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鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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