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請問如何判定是否為啟動子序列呢？用什么軟件分析？ 已有1人參與
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欲克隆啟動子，目前已克隆獲得一段序列，請問如何判定是否為啟動子序列呢？用什么軟件分析？ plantcare？place？謝謝大神們的幫助！急急急急急。。。。。。 |
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2樓2014-04-26 15:32:43
凌波麗
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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如何查找一段基因序列的啟動子？ http://www.gaoyang168.com/html/201306/6059230.html 如何找到啟動子（轉(zhuǎn)帖） http://bbs.bbioo.com/thread-17771-1-1.html 我在NCBI上找到的基因并沒有 啟動子區(qū)，請問如何獲得所需基因的啟動子序列？ 如何查找一個基因的啟動子序列 定義：啟動子是參與特定基因轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控的DNA序列。包含核心啟動子區(qū)域和調(diào)控區(qū)域。核心啟動子區(qū)域產(chǎn)生基礎(chǔ)水平的轉(zhuǎn)錄，調(diào)控區(qū)域能夠?qū)Σ煌沫h(huán)境條件作出應(yīng)答，對基因的表達(dá)水平做出相應(yīng)的調(diào)節(jié)。 區(qū)域：啟動子的范圍非常大，可以包含轉(zhuǎn)錄起始位點上游2000bp，有些特定基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)內(nèi)部也存在著轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，因此也屬于啟動子范圍。 這項搜尋要從UCSC基因組瀏覽器開始，網(wǎng)址為http://genome.ucsc.edu/。以編碼pendrin (PDS)的基因為例來說明上述問題。PDS與耳蝸的異常發(fā)育、感覺神經(jīng)性聽力下降以及彌散性甲狀腺增大（甲狀腺腫）有關(guān)。 進(jìn)入UCSC的主頁后，在Organism的下拉菜單中選擇Human，然后點擊Browser。使用者現(xiàn)在到了人類基因組瀏覽器入口。本例的搜尋很簡單：在assembly的下拉菜單中選擇Dec. 2001，在position框中鍵入pendrin，然后點擊Submit。返回的頁面結(jié)果顯示一個已知的基因和兩個mRNA序列。繼續(xù)點擊mRNA序列的登錄號AF030880，出現(xiàn)包含這個mRNA區(qū)域的圖解概要。為了獲得這個區(qū)域更清晰的圖像，點擊緊靠zoom out的1.5X按鈕。最后點擊頁面中部的reset all按鈕，使各個路徑的設(shè)置恢復(fù)默認(rèn)狀態(tài)。 然而，對于本例的搜尋目的來說，默認(rèn)設(shè)置不是理想的設(shè)置。按照視圖利用頁面底部的Track Controls按紐，將一些路徑設(shè)置為hide模式（即不顯示），其他設(shè)置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設(shè)置為full模式（每個特征有一個分開的線條，最多達(dá)300）。在考慮這些路徑內(nèi)究竟存在那些資料之前，對這些路徑的內(nèi)容和表現(xiàn)做一個簡要的討論是必要的，許多這些討論是由外界提供給UCSC的。下面是對基因預(yù)測方法的更進(jìn)一步討論，這些信息也可以在其他地方找到。 對于Known Genes（已知基因）和預(yù)測的基因路徑來說，一般的慣例是以一個高的垂直線或塊狀表示每個編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區(qū)。 起連接作用的內(nèi)含子以非常細(xì)的線條表示。翻譯的方向由沿著細(xì)線的箭頭指示。 Known Genes來自LocusLink內(nèi)的mRNA參照序列，已經(jīng)利用BLAT程序?qū)⑦@些序列與基因組序列進(jìn)行比對排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路徑是利用Acembly程序?qū)⑷祟恗RNA和EST序列數(shù)據(jù)與人類基因組序列進(jìn)行比對排列而來的。Acembly程序試圖找到mRNA與基因組序列的最好的比對排列以及判斷選擇性剪接模型。假如有多于1個的基因模型具有統(tǒng)計學(xué)意義，則它們都全部顯示出來。有關(guān)Acembly的更多信息可以在NCBI的網(wǎng)站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路徑由Ensembl提供。Ensembl基因通過許多方法來預(yù)測，包括與已知mRNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行同源性比較，ab initio基因預(yù)測使用GENSCAN和基因預(yù)測HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路徑通過尋找基因的結(jié)構(gòu)特征來預(yù)測基因內(nèi)部的外顯子，例如剪接位點的給位和受位的結(jié)構(gòu)特征，利用一種動態(tài)的程序算法推定編碼區(qū)域和推定外顯子5′端和3′端的內(nèi)含子區(qū)域；這個方法也考慮到蛋白質(zhì)相似性的資料。 Genscan Gene Predictions路徑由GENSCAN方法衍生而來，通過這個方法，可以確定內(nèi)含子、外顯子、啟動子區(qū)域和poly(A)信號。此時，這個方法并不期望查詢的序列只出現(xiàn)1個基因，因此可以對部分基因或被基因之間的DNA分隔的多個基因進(jìn)行準(zhǔn)確的預(yù)測。 Human mRNAs from Genbank路徑顯示基因庫的人類mRNAs與基因組序列的比對排列。 Spliced ESTs和Human EST路徑顯示來自GenBank的ESTs序列與基因組的序列對齊比較。由于ESTs通常代表了轉(zhuǎn)錄基因的片斷，一個EST很有可能對應(yīng)于某個外顯子區(qū)。 最后，Repeating Elements by RepeatMasker這個路徑顯示的是重復(fù)元件，例如散在的或長或短的核元素(SINEs和LINEs)，長末端重復(fù)序列(LTRs)和低復(fù)雜性區(qū)域(http://repeatmasker.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker)。一般來說，在將基因預(yù)測方法應(yīng)用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩飾這些成分。 回到視圖顯示的例子，可以看到大多數(shù)路徑返回了幾乎同樣的基因預(yù)測結(jié)果。作為一個規(guī)則，通過多種方法預(yù)測的外顯子提高了預(yù)測的正確率而不會出現(xiàn)“假陽性”結(jié)果。多數(shù)方法顯示3′端非翻譯區(qū)，以左側(cè)大而短的塊狀表示。Acembly路徑顯示除了全長序列產(chǎn)物（如這個部分第3條線所示）之外還有3個可能的選擇性剪接，其它大多數(shù)路徑顯示與此預(yù)測結(jié)果相符。Genscan路徑從左、右方向往遠(yuǎn)處延伸：GENSCAN可以被用于預(yù)測多個基因。 盡管這些圖解概要很有用，然而研究者更需要與這些垂直線或塊狀相對應(yīng)的序列。以此為例，用Fgenesh++預(yù)測作為獲得原始序列數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)，但不管選擇哪個路徑其步驟都是一樣的。點擊標(biāo)有Fgenesh++ Gene Predictions的路徑，出現(xiàn)的是一個描述預(yù)測的概要頁面。 序列的區(qū)域與pendrin基因相似（從這個例子一開始就已經(jīng)知道了）。給出了序列的大小及序列開始和結(jié)束的預(yù)測，并顯示預(yù)測是以負(fù)鏈為基礎(chǔ)的。想要獲得序列，點擊Genomic Sequence。使用者將被帶到一個標(biāo)題為Get Genomic Sequence Near Gene的查詢頁面，在這個頁面上，可以獲得轉(zhuǎn)錄物、編碼區(qū)、啟動子或轉(zhuǎn)錄物加啟動子的序列。 點擊Transcript返回的頁面顯示完整的轉(zhuǎn)錄子，外顯子以大寫字母表示。 點擊Coding Region Only得到的是編碼區(qū),外顯子以大寫字母表示。 點擊Transcript + Promoter，返回的頁面顯示的是在上述選擇Transcript所獲序列的5′端添加了啟動子序列，以大寫字母表示外顯子。啟動子的長度顯示在文本框內(nèi)。 點擊Promoter返回的頁面正好是啟動子區(qū). 記錄下查找某條基因啟動子序列的辛苦過程(轉(zhuǎn)) 今天接到遙遠(yuǎn)老板的來電，急需查出某條基因的啟動子序列，說他第二天早上就要，雖然搜到不少講怎么找啟動子的，但總是只言片語，我比較笨搞清別人的含義需要很長時間，于是把我折騰了一個白天，下面就記錄下自己查找啟動子的整個過程希望對后來的兄弟有點幫助： 首先就是想直接查找有沒有人做過這條基因的啟動子，在pubmed中輸入genename+promoter，返回15條記錄，大概瀏覽了下摘要，很失望沒有 ; 接著就想看看有沒有數(shù)據(jù)庫可以直接給出啟動子序列的，很幸運竟然發(fā)現(xiàn)一個極好的啟動子搜索講義網(wǎng)站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 其中給出了查找啟動子的一般步驟，并且列出了所要用到的工具，興奮！ 第一步就是要找到基因確定基因所在基因組區(qū)域，其中列出很多網(wǎng)站，不過偶還是習(xí)慣genbank，在gene欄中search某個基因，不要搞錯基因種屬！進(jìn)入后即可看到該基因的詳細(xì)條目，別眼花，就點擊右側(cè)link欄的Map viewer鏈接，進(jìn)入即可看到該基因在染色體上的形象定位，鼠標(biāo)懸停在基因的起始位點時，即可在瀏覽器下方的狀態(tài)欄中顯示該位點在染色體上的明確定位，比如110997788，結(jié)合給出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概確定該啟動子在基因組中的大概定位，即110778899-110997788； 第二步搞清楚基因組狀態(tài)，我沒搞太清楚，不過其中給的一個鏈接來查出啟動子所在克隆（查出克隆號可以購買）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 該鏈接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一個clonelist； 第三步搜索啟動子，其中可以用啟動子數(shù)據(jù)庫和啟動子預(yù)測軟件，當(dāng)然如果啟動子數(shù)據(jù)庫中有最好，但很失望給出的數(shù)據(jù)庫均不能查到！只好用啟動子預(yù)測軟件，使用了幾個在線預(yù)測工具后覺得下面這個速度賊快，推薦http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把該基因的dna序列submit之后返回了很多個PolII識別位點，到底哪個是呢？我個人理解啟動子應(yīng)該是翻譯起始位點附近，所以在這個dna序列中定位翻譯起始位點即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2這個利器，只要把dna和mrna序列粘貼進(jìn)去提交就ok，正好在翻譯起始位點上游幾百bp有個識別位點，ok！啟動子序列就是翻譯起始位點上游大概1kb長度的序列了！ 哈哈，說了很多廢話，不過感覺把我搜索的整個過程詳細(xì)記錄下來了，斗膽在這里獻(xiàn)丑，希望朋友們別扔磚頭，而且很多地方還值得探討，so請大家指正！ 常用啟動子預(yù)測的分析網(wǎng)址 （轉(zhuǎn)帖） http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm 啟動子分為細(xì)菌和真核生物的。 可以在線分析啟動子和終止子。 Good Luck ! |
3樓2014-04-26 22:31:30
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