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yechao258

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 87.5
散金: 100
帖子: 44
在線: 50小時(shí)
蟲號(hào): 2451092
注冊(cè): 2013-05-06
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

[求助] 求助：如何NAMD的psf 文件轉(zhuǎn)化成Gromacs的top文件已有1人參與

RT
本人今年新研一枚。
老板起先拿了一個(gè)體系，讓我看懂以后跑namd，但是由于資源有限只能用64個(gè)核跑，導(dǎo)致跑一個(gè)系統(tǒng)要15天，太慢了。于是老板就讓我把namd系統(tǒng)轉(zhuǎn)成gromacs，我對(duì)gromacs懂得多一些，對(duì)namd就接觸了不到一周，不知道從哪里做起。實(shí)驗(yàn)室的師兄師姐也沒有人做過(guò)這樣的工作，所以就來(lái)小木蟲求助了。今天，在網(wǎng)上搜了一天，發(fā)現(xiàn)一個(gè)Python 里面有一個(gè)Pytopol.py ，還有個(gè)VMD 里面的topotools可以做，但是網(wǎng)上的解釋都不是很清楚。不知道有沒有大俠做過(guò)這樣的工作指點(diǎn)一下。
PS：由于囊腫羞澀，給不起更多的金幣了、、

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1樓 2014-09-03 17:29:06

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rocksliu

金蟲 (小有名氣)

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

你可以用pdb文件生成top文件，使用pdb2gmx命令實(shí)現(xiàn)

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回復(fù)此樓

2樓2014-09-04 10:38:28

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