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yechao258

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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散金: 100
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蟲號: 2451092
注冊: 2013-05-06
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

[求助] 求助：如何NAMD的psf 文件轉(zhuǎn)化成Gromacs的top文件已有1人參與

RT
本人今年新研一枚。
老板起先拿了一個體系，讓我看懂以后跑namd，但是由于資源有限只能用64個核跑，導(dǎo)致跑一個系統(tǒng)要15天，太慢了。于是老板就讓我把namd系統(tǒng)轉(zhuǎn)成gromacs，我對gromacs懂得多一些，對namd就接觸了不到一周，不知道從哪里做起。實驗室的師兄師姐也沒有人做過這樣的工作，所以就來小木蟲求助了。今天，在網(wǎng)上搜了一天，發(fā)現(xiàn)一個Python 里面有一個Pytopol.py ，還有個VMD 里面的topotools可以做，但是網(wǎng)上的解釋都不是很清楚。不知道有沒有大俠做過這樣的工作指點一下。
PS：由于囊腫羞澀，給不起更多的金幣了、、

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1樓 2014-09-03 17:29:06

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

rocksliu

金蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

你可以用pdb文件生成top文件，使用pdb2gmx命令實現(xiàn)

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回復(fù)此樓

2樓2014-09-04 10:38:28

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