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broken1999木蟲 (正式寫手)
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[交流]
AMBER和NAMD 體系加完電荷，仍然不是電中性，怎么辦？
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兩個(gè)問題： 1.分子動(dòng)力學(xué)，體系一定要是電中性嗎？如果不是中性，會(huì)造成什么影響？ 2.AMBER和NAMD 體系加完電荷，仍然不是電中性，怎么辦？ 凈電荷已經(jīng)是零點(diǎn)幾了，不能通過加Na+或Cl-中和了 謝謝！ |
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lsloneil
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+10, 謝謝！ 2014-10-02 09:07:22
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broken1999: 金幣+10, 謝謝！ 2014-10-02 09:07:22
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如果不是中性的話，在用Ewald summation計(jì)算靜電相互作用的話會(huì)發(fā)散。不過現(xiàn)在軟件的Ewald summation都會(huì)自動(dòng)防止這種問題，當(dāng)發(fā)現(xiàn)體系非中性的時(shí)候，都會(huì)給體系自動(dòng)加上一個(gè)uniform charge background來保持電中性，然后再發(fā)個(gè)警告說體系總電荷不為零。 除非萬不得已（比如計(jì)算單個(gè)離子在溶液中的溶解自由能），不要讓體系呈非中性，否則Ewald summation自動(dòng)加的那個(gè)uniform charge background會(huì)給結(jié)果帶來誤差，而且你的體系越偏離電中性誤差越大。 |
3樓2014-10-01 13:32:39
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+5 2014-10-02 09:06:57
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+5 2014-10-02 09:06:57
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2樓2014-10-01 07:35:05
sunyuwei1994
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4樓2018-05-29 15:11:20
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5樓2018-06-07 18:32:22
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