 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1728 | 回復(fù): 5 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
broken1999木蟲 (正式寫手)
|
[交流]
AMBER和NAMD 體系加完電荷，仍然不是電中性，怎么辦？
|
|||
|
兩個問題： 1.分子動力學(xué)，體系一定要是電中性嗎？如果不是中性，會造成什么影響？ 2.AMBER和NAMD 體系加完電荷，仍然不是電中性，怎么辦？ 凈電荷已經(jīng)是零點幾了，不能通過加Na+或Cl-中和了 謝謝！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
291求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
物理學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
08工科，295，接受跨專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
本2一志愿C9-333分，材料科學(xué)與工程，求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿西交288化工專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
308求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- NAMD所用的CHARMM力場參數(shù)除了22 27 還有別的嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 急求解答，關(guān)于力場的電荷參數(shù)�。。�
已經(jīng)有4人回復(fù)
- Amber 分子動力學(xué) 求助�。。�！
已經(jīng)有10人回復(fù)
- Namd， Gromacs 可以計算分子中電荷分布隨時間的變化嗎？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 學(xué)amber tutorial 遇到參數(shù)文件無法產(chǎn)生，急求答案
已經(jīng)有4人回復(fù)
- gmx不認(rèn)小分子PDB殘基怎么辦？？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
astrozheng
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 512.2
- 散金: 353
- 紅花: 4
- 帖子: 268
- 在線: 38.6小時
- 蟲號: 2499964
- 注冊: 2013-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
|
權(quán)宜之計，手動修改拓?fù)湮募{(diào)節(jié)電荷回去。但是，要清楚為什么會出現(xiàn)這種電荷非整數(shù)的情況。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2018-06-07 18:32:22
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+5 2014-10-02 09:06:57
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+5 2014-10-02 09:06:57
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-10-01 07:35:05
lsloneil
專家顧問 (正式寫手)
-
專家經(jīng)驗: +49 - 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 148 (高中生)
- 金幣: 8640.9
- 散金: 507
- 紅花: 30
- 帖子: 505
- 在線: 598.4小時
- 蟲號: 556471
- 注冊: 2008-05-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+10, 謝謝！ 2014-10-02 09:07:22
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
broken1999: 金幣+10, 謝謝！ 2014-10-02 09:07:22
|
如果不是中性的話，在用Ewald summation計算靜電相互作用的話會發(fā)散。不過現(xiàn)在軟件的Ewald summation都會自動防止這種問題，當(dāng)發(fā)現(xiàn)體系非中性的時候，都會給體系自動加上一個uniform charge background來保持電中性，然后再發(fā)個警告說體系總電荷不為零。 除非萬不得已（比如計算單個離子在溶液中的溶解自由能），不要讓體系呈非中性，否則Ewald summation自動加的那個uniform charge background會給結(jié)果帶來誤差，而且你的體系越偏離電中性誤差越大。 |
3樓2014-10-01 13:32:39
sunyuwei1994
至尊木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 12543
- 散金: 12
- 紅花: 3
- 帖子: 2076
- 在線: 104.3小時
- 蟲號: 4038801
- 注冊: 2015-08-26
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子物理與高分子物理化
4樓2018-05-29 15:11:20
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工科，295，接受跨專業(yè)調(diào)劑 +5 | lmnlzy 2026-03-30 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)279求調(diào)劑 +6 | 哈哈哈^_^ 2026-03-31 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +11 | Li李魚 2026-03-26 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑一志愿合肥工業(yè)大學(xué) +5 | 秋二十二 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東師范大學(xué)有機化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑! +7 | 真名有冰 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求收留 +6 | 1943443204 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +16 | 新時代材料 2026-03-27 | 16/800 |
|
|
|
[有機交流] 考研調(diào)劑 +8 | watb 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑：一志愿湖南大學(xué) 材料與化工（085600），已過六級。 +9 | XX小鄧 2026-03-29 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +8 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)354求調(diào)劑 +7 | 101次希望 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[碩博家園] 求調(diào)劑 有機化學(xué)考研356分 +10 | Nadiums 2026-03-25 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +15 | Micky11223 2026-03-25 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856，材料與化工321分求調(diào)劑 +12 | 大饞小子 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 085602 307分 求調(diào)劑 +7 | 不知道叫什么！ 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研一志愿蘇州大學(xué)初始315（英一）求調(diào)劑 +3 | sbdksD 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|