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c_chi木蟲 (正式寫手)
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siesta基組優(yōu)化問(wèn)題 已有1人參與
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和PW方法相比，LCAO方法有時(shí)候的計(jì)算準(zhǔn)確度確實(shí)有所不夠，特別是對(duì)于過(guò)渡金屬和貴金屬感覺(jué)不太容易計(jì)算，之前用siesta優(yōu)化一個(gè)Beta相的MnO2，發(fā)現(xiàn)結(jié)果基本是錯(cuò)的。問(wèn)了些人，也在論壇里翻了其他人的帖子，說(shuō)是可以通過(guò)優(yōu)化基組來(lái)達(dá)到PW的準(zhǔn)確度（工具：/Util/Optimizer目錄下的simplex），但是還是不怎么明白。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2486484&fpage=1&target=blank http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1&target=self&page=1 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3146982 也看了高手提供的一篇這方面的文章，看了下，沒(méi)能全看懂。 Optimal strictly localized basis sets for noble metal surfaces.（PHYSICAL REVIEW B79, 075441 2009） 這里希望有人能夠解一下疑惑： 1詳細(xì).解釋下基組，大家經(jīng)驗(yàn)來(lái)看什么情況下使用什么基組可以達(dá)到可行的精度？ 2.解釋下siesta基組優(yōu)化的具體方法和技巧，或者提供這方面的資料？或者可不可以參考高斯的基組來(lái)設(shè)置siesta的基組？ 3.我在siesta計(jì)算過(guò)渡金屬氧化物時(shí)，感覺(jué)scf比較難以收斂，如果優(yōu)化基組后可能更難，計(jì)算量更大，我一般的做法是加大DM.NumberPulay并減小DM.MixingWeight，如下。請(qǐng)問(wèn)我的做法合理嗎？還有什么其他方法？ DM.NumberPulay 8 DM.MixingWeight 0.1 4. 最后對(duì)于贗勢(shì)一般是用軟件提供的贗勢(shì)，這里也能夠優(yōu)化來(lái)提高準(zhǔn)確度？需要怎么做？ 先謝謝了�。。� |
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franch: 金幣+3, 謝謝回帖交流。。。 2014-09-22 22:29:11
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推薦樓主去看下openmx的幫助文檔和項(xiàng)目組發(fā)的文章，我記得有篇PRB文章專門講基組優(yōu)化的。雖然方法不同，但都是LCAO，應(yīng)該有相通的部分。 LCAO使用原子軌道作為基組，原子軌道可分為徑向函數(shù)和球諧函數(shù)兩部分。球諧函數(shù)有確定的表達(dá)式，徑向函數(shù)有slater型，gauss型和數(shù)值型。數(shù)值型就是把徑向函數(shù)分成一系列格點(diǎn)，存儲(chǔ)格點(diǎn)上的函數(shù)值，計(jì)算時(shí)再用插值法還原。基組優(yōu)化實(shí)際上就是調(diào)整格點(diǎn)上的值。 |
2樓2014-09-09 16:01:22
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3樓2014-09-10 08:30:24
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問(wèn)題還是沒(méi)解決，我主要是想優(yōu)化MnO2的基組，我看了下例子不是很明白，優(yōu)化參數(shù)和原子軌道有什么關(guān)系嗎？能解釋下下面的內(nèi)容： 1.有個(gè)如下的VASRS文件，應(yīng)該是優(yōu)化的閾值，但是怎么取？有什么規(guī)則還不是很明白？為什么要這樣取這些軌道？ s_z1_rc_O 2.5 8.0 spl_s_O 0.05 0.5 0.15 p_z1_rc_O 2.5 8.0 spl_p_O 0.05 0.5 d_z1_rc_O 2.5 8.0 s_z1_rc_H 2.0 8.0 spl_s_H 0.05 0.8 p_z1_rc_H 2.0 8.0 2.同時(shí)運(yùn)行的輸入文件有個(gè)基組的block，這個(gè)和上面的優(yōu)化閾值有什么關(guān)系嗎？謝謝了�。�！ %block PAO.Basis # Define Basis set O 3 n=2 0 2 S $spl_s_O $s_z1_rc_O 0.0 1.000 1.000 n=2 1 2 S $spl_p_O $p_z1_rc_O 0.0 1.000 1.000 n=3 2 1 $d_z1_rc_O 1.000 H 2 n=1 0 2 S $spl_s_H $s_z1_rc_H 0.0 1.000 1.000 n=2 1 1 $p_z1_rc_H 1.000 %endblock PAO.Basis |
4樓2014-09-11 14:45:11
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6樓2019-02-28 22:55:30
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【答案】應(yīng)助回帖
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1、這個(gè)不一定，我遇到過(guò)有些原子基組定義有bug（比如某個(gè)殼層都沒(méi)定義）的情況，這種情況多大尺寸的基組都沒(méi)用。除此之外SIESTA因?yàn)椴捎玫氖勤I原子軌道框架，所以精度除了依賴基組，還得看贗勢(shì)怎么優(yōu)化，官方提供的贗勢(shì)對(duì)過(guò)渡元素有些可能連標(biāo)量相對(duì)論都沒(méi)考慮。如果要排除贗勢(shì)的問(wèn)題就得用平面波和相同的贗勢(shì)計(jì)算再進(jìn)行對(duì)比，這在操作上可行性很差。大體上說(shuō)，如果能做對(duì)比，目前我從幾篇文獻(xiàn)的了解來(lái)說(shuō)，優(yōu)化后的DZP基本上能在0.2eV/atom以內(nèi)。 2、（1）SIESTA用單純形方法優(yōu)化基組的方案我看過(guò)文獻(xiàn)和資料，但沒(méi)具體取做過(guò)，我想應(yīng)該是通過(guò)調(diào)整各項(xiàng)基組參數(shù)來(lái)極小化參考系統(tǒng)的能量來(lái)給出基組參數(shù)，這方面信息其實(shí)應(yīng)該可以看看SIESTA官方的ppt（https://departments.icmab.es/lee ... utorials/index.html），如果有時(shí)間我去試試看弄一篇教程。 （2）高斯基組的方案不能夠完全套用過(guò)來(lái)，原子軌道基組必須和贗勢(shì)一一匹配使用，就連Gaussian的SDD和Lanl2的基組和贗勢(shì)也是不能隨便互換的。除非你針對(duì)相應(yīng)的贗勢(shì)自己優(yōu)化相應(yīng)的Gaussian軌道，然后反過(guò)來(lái)離散化、截?cái)喑蓴?shù)值軌道，這樣是允許的，否則贗勢(shì)基組沒(méi)辦法在core區(qū)域與贗勢(shì)匹配。 （3）SIESTA優(yōu)化基組過(guò)程確實(shí)比較繁瑣。除了單純形方法外，其他還有像OpenMX對(duì)軌道變分優(yōu)化的；還有就是通過(guò)參考系統(tǒng)做平面波或有限差分等計(jì)算后再投影到局域軌道的方式，比如Plato這些程序（10.1103/PhysRevB.62.4899）。這些方法操作過(guò)程不一樣，要移植過(guò)來(lái)就得另外想辦法。 3、優(yōu)化基組的目的就是為了能夠使用小尺寸的基組獲得更好的結(jié)果，因此原則上不會(huì)出現(xiàn)計(jì)算量更大的情況。你的方法是合理的，出現(xiàn)難收斂的情況應(yīng)當(dāng)考慮基組和贗勢(shì)程序內(nèi)部是否定義正確，所選取的參數(shù)是否合理（收斂性測(cè)試、磁矩初猜、結(jié)構(gòu)等），如果還是很困難就應(yīng)該考慮調(diào)整迭代方面的參數(shù)（混合的形式、因子大�。�。 4、SIESTA可以使用官方提供的ATOM來(lái)生成Troullier-Martins贗勢(shì)和HSC贗勢(shì)，這方面應(yīng)該也能找到教程。 |
7樓2019-04-02 15:02:31
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【答案】應(yīng)助回帖
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我想應(yīng)該是具體的每個(gè)參數(shù)的意義應(yīng)該是參考手冊(cè)的The PAO.Basis block這一節(jié)，然后把要優(yōu)化的參數(shù)寫成變量的形式，優(yōu)化基組過(guò)程完成之后程序會(huì)給出這些變量的值。比如$s_z1_rc_O就能夠看出是O的第一個(gè)zeta的截?cái)喟霃�，�?spl_s_H就是H的第二個(gè)zeta的劈裂模，而這個(gè)劈裂模則決定了第二個(gè)zeta的截?cái)唷Ｆ溆喟姾�、�?nèi)層半徑這些參量?jī)?yōu)化方法應(yīng)該都差不多，但前提是你得大致對(duì)SIESTA的基組形式有個(gè)了解。 |
8樓2019-04-02 15:14:46
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