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bettyshan木蟲 (正式寫手)
夢(mèng)幻biobrick
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用本地blast是要下載所有鏈霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像沒有單獨(dú)將鏈霉菌的蛋白整理出來，你可以下載所有細(xì)菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/這個(gè)FTP里頭，進(jìn)去之后網(wǎng)頁(yè)拉到下面一點(diǎn)，下載那些帶“nonredundant” 和“faa”的，所有231個(gè)文件，蛋白估計(jì)也就10多個(gè)G，總能下載完的。下載完之后可以從這些序列中挑出鏈霉菌的序列，然后構(gòu)建blast數(shù)據(jù)庫(kù)，這一步估計(jì)要寫一些計(jì)算機(jī)代碼，不知道你會(huì)不會(huì)。 上面的方法最準(zhǔn)確但是有些麻煩，你也可以到uniprot網(wǎng)站http://www.uniprot.org/里頭，搜索streptomyces，出來的就是鏈霉菌的蛋白，大約是60萬(wàn)條，搜索完后這個(gè)網(wǎng)站會(huì)提供序列下載，點(diǎn)擊download就行了，下載fasta格式的序列可以直接用來構(gòu)建blast數(shù)據(jù)庫(kù)。 有blast數(shù)據(jù)庫(kù)之后比對(duì)就比較簡(jiǎn)單了，難的估計(jì)是分析比對(duì)結(jié)果。你說的e-value比較好辦， identity和 matching我不知道該怎么控制，不過用blast的-m8參數(shù)可以輸出Tab類型的結(jié)果，要篩選 identity和 matching應(yīng)該也不難。 我以前做過類似你說的東西，不過我找的是真菌蛋白，當(dāng)時(shí)找到的真菌序列大約是200萬(wàn)，我估計(jì)鏈霉菌的也是百萬(wàn)級(jí)別。百萬(wàn)級(jí)別的序列不算多，想要完成你說的這類任務(wù)，你得習(xí)慣同這種大數(shù)據(jù)打交道。 |
8樓2014-10-11 17:18:50
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9樓2014-10-13 09:23:59
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10樓2014-10-13 09:24:46
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