 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2188 | 回復: 7 | ||
tthouse銀蟲 (小有名氣)
|
[求助]
批量Blast比對
|
| 請教各位達人，聽說Biolinux能本地批量基因比對注釋，現(xiàn)已經裝好了Biolinux系統(tǒng)，下載好了本地Blast數(shù)據(jù)庫，但不知道接下來如何操作，將數(shù)據(jù)庫保存到哪里，用怎么執(zhí)行等等，麻煩會的朋友指點指點，最好寫一下操作步驟，謝謝！ |
回復此樓» 猜你喜歡
【求調劑】085601材料工程專碩 | 總分272 |
已經有5人回復
-
275求調劑
已經有13人回復
-
0856，材料與化工321分求調劑
已經有8人回復
-
085701環(huán)境工程，267求調劑
已經有12人回復
-
320分，材料與化工專業(yè)，求調劑
已經有7人回復
-
085701環(huán)境工程求調劑
已經有8人回復
-
295材料工程專碩求調劑
已經有5人回復
-
265求調劑
已經有8人回復
-
322求調劑
已經有4人回復
-
085602 307分 求調劑
已經有6人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 為什么要用本地blast
已經有7人回復
- 已取得基因反向測序結果，要先如何處理再上blast比對？
已經有4人回復
- 如何對已經進行BLAST比對的序列進行功能預測
已經有4人回復
- 如何快速 找到所有膜蛋白
已經有20人回復
- 求助設計好的引物怎樣通過blast比對來確定引物的正確性
已經有4人回復
- NCBI登錄號申請相關問題
已經有7人回復
- 【交流】Blast比對結果解惑
已經有11人回復
- 【求助/交流】設計的引物在NCBI blast中比對居然沒有我的目的片段
已經有5人回復
- 【求助/交流】NCBI中細菌Blast比對100%能不能說是一個種
已經有3人回復
- 【求助/交流】關于序列比對
已經有5人回復
- 【求助/交流】請問，有沒有誰知道，如何從NCBI上批量下載一類gene的核苷酸序列？
已經有13人回復
- 【求助/交流】ITS測序
已經有17人回復
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 18
- 應助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
- 金幣: 24632.2
- 散金: 197
- 紅花: 48
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2254
- 在線: 400.7小時
- 蟲號: 1879241
- 注冊: 2012-07-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學
2樓2012-12-03 04:48:15
cory0931
至尊木蟲 (文壇精英)
巫山云
- 應助: 28 (小學生)
- 貴賓: 0.101
- 金幣: 30146.9
- 散金: 13861
- 紅花: 198
- 帖子: 10478
- 在線: 1003.5小時
- 蟲號: 1652657
- 注冊: 2012-02-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 臨床獸醫(yī)學
小木蟲網站內就有許多的教程什么的；另外，還有丁香園，百度文庫等等…… 
3樓2012-12-03 07:44:47
tthouse
銀蟲 (小有名氣)
- 應助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 2476.4
- 紅花: 1
- 帖子: 153
- 在線: 54.5小時
- 蟲號: 276971
- 注冊: 2006-09-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 農業(yè)昆蟲學
4樓2012-12-03 13:13:32
tthouse
銀蟲 (小有名氣)
- 應助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 2476.4
- 紅花: 1
- 帖子: 153
- 在線: 54.5小時
- 蟲號: 276971
- 注冊: 2006-09-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 農業(yè)昆蟲學
5樓2012-12-03 13:14:01
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 18
- 應助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
- 金幣: 24632.2
- 散金: 197
- 紅花: 48
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2254
- 在線: 400.7小時
- 蟲號: 1879241
- 注冊: 2012-07-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
|
do not understand what you are talking about. General definition: local blast: the blast program is run on a local machine against a local database file, regardless of the operating system. online blast: send the sequence data somewhere on the internet and wait for the result to send back. I local blasted against nr database (the protein one from NCBI, the total file size is more than 5gb ), one search takes 3-8 minutes depends on the length of sequence. in total about 12 days. against swissprot database, same dataset, 11 hours. So really depends on the size of the database file |
6樓2012-12-03 17:53:37
hydraphenix
銀蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 304.8
- 紅花: 1
- 帖子: 149
- 在線: 82.8小時
- 蟲號: 1136095
- 注冊: 2010-10-31
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
tthouse: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-12-10 11:03:57
tthouse: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-12-10 11:04:35
感謝參與，應助指數(shù) +1
tthouse: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-12-10 11:03:57
tthouse: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-12-10 11:04:35
|
簡單點說，就是在windows下裝一個blast+ 然后就是裝備queryxxx.fa和targetxxx.fa兩個fasta的文件。 然后到目錄下用命令行運行下邊兩條命令（針對核酸序列比對）： makeblastdb -in targetxxx.fa -dbtype nucl -out targetxxx blastn -db targetxxx -query queryxxx.fa -task blastn -out blast_outputxxxx.out |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
11joy7樓2012-12-04 14:33:11
8樓2013-10-22 23:51:12
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 tthouse 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 320分，材料與化工專業(yè)，求調劑 +5 | 一定上岸aaa 2026-03-27 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 295求調劑 +4 | 1428151015 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 275求調劑 +8 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 食品工程專碩一志愿中海洋309求調劑 +3 | 小張zxy張 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 287求調劑 +10 | land xuxu 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 308求調劑 +6 | 墨墨漠 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308求調劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調劑 +7 | 曼111 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學材料與化工 264分各科過A區(qū)國家線 +10 | 哈哈157349 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 321求調劑 +4 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 359求調劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調劑求收留 +7 | 果然有我 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 341求調劑 +7 | 青檸檬1 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學求調劑 +3 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 中國科學院深圳先進技術研究院-光纖傳感課題組招生-中國科學院大學、深圳理工大學聯(lián)培 +5 | YangTyu1 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 293求調劑 +7 | 加一一九 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學材料與化工303分求調劑 +4 | 為學666 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學調劑 +6 | yzysaa 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿國科過程所081700，274求調劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070300，一志愿北航320求調劑 +3 | Jerry0216 2026-03-22 | 5/250 |
|