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tthouse銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
批量Blast比對
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| 請教各位達人，聽說Biolinux能本地批量基因比對注釋，現已經裝好了Biolinux系統(tǒng)，下載好了本地Blast數據庫，但不知道接下來如何操作，將數據庫保存到哪里，用怎么執(zhí)行等等，麻煩會的朋友指點指點，最好寫一下操作步驟，謝謝！ |
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2樓2012-12-03 04:48:15
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3樓2012-12-03 07:44:47
tthouse
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5樓2012-12-03 13:14:01
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【答案】應助回帖
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do not understand what you are talking about. General definition: local blast: the blast program is run on a local machine against a local database file, regardless of the operating system. online blast: send the sequence data somewhere on the internet and wait for the result to send back. I local blasted against nr database (the protein one from NCBI, the total file size is more than 5gb ), one search takes 3-8 minutes depends on the length of sequence. in total about 12 days. against swissprot database, same dataset, 11 hours. So really depends on the size of the database file |
6樓2012-12-03 17:53:37
hydraphenix
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【答案】應助回帖
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簡單點說，就是在windows下裝一個blast+ 然后就是裝備queryxxx.fa和targetxxx.fa兩個fasta的文件。 然后到目錄下用命令行運行下邊兩條命令（針對核酸序列比對）： makeblastdb -in targetxxx.fa -dbtype nucl -out targetxxx blastn -db targetxxx -query queryxxx.fa -task blastn -out blast_outputxxxx.out |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
11joy7樓2012-12-04 14:33:11
8樓2013-10-22 23:51:12
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