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starrywang新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人參與
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差分電荷密度 | 計(jì)算化學(xué) |
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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差分電荷密度(二次差分,兩片段間相互作用前后的電荷密度差)需要指定兩個(gè)片段具體是那些原子。 差分電荷的定義是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分別都是維持體系A(chǔ)B中A和B的構(gòu)型,但是體系中,A具體由哪些原子,B具體由哪些原子構(gòu)成,這個(gè)就要指定,set就是指定這個(gè)。 如果我們知道了上述定義,那么其實(shí)手工計(jì)算差分電荷也是可以實(shí)現(xiàn)的。只是本人對(duì)CASTEP輸出的check文件實(shí)在是破解不能。。。有個(gè)工具叫check2xsf似乎可以轉(zhuǎn)化成cub或是其他格式,這樣也許可以輸出文本文件用origin作圖。如果不限定作圖方式,可以通過(guò)在MS下建立Slice調(diào)整大小后直接截圖即可。 |

新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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我知道了,sets of atoms定義的叫分子片段,剩余的部分肯能認(rèn)為是另一個(gè)部分。計(jì)算electron density difference時(shí),可以計(jì)算出這兩個(gè)或多個(gè)部分組合和分離前后的電荷密度差,也就是我前面給的圖。是這個(gè)意思吧。不過(guò)我有個(gè)小疑問(wèn),分子片段間分開(kāi)后,各個(gè)片段構(gòu)型是不變的,而真實(shí)情況則是各個(gè)片段發(fā)生吸附或反應(yīng)前后,構(gòu)型是發(fā)生變化的。那這樣得到的電荷差還有什么意思,比的不是真實(shí)過(guò)程的前后? [ 發(fā)自小木蟲(chóng)客戶端 ] |
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