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Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人參與
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如題，我知道如何設(shè)置sets of atoms ，但是不知道這個(gè)是什么意思，算出來(lái)的結(jié)果我也看不懂，好像有兩個(gè)單獨(dú)的castep文件。 另外求教一下下面的圖怎么畫。該文計(jì)算了表面有無(wú)吸附物前后的電荷差，然后畫出圖形。請(qǐng)問(wèn)，這個(gè)電荷是通過(guò)什么得到的，光是population的數(shù)據(jù)是畫不出來(lái)的吧。 |
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 差分電荷密度 | 計(jì)算化學(xué) |
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差分電荷密度（二次差分，兩片段間相互作用前后的電荷密度差）需要指定兩個(gè)片段具體是那些原子。 差分電荷的定義是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分別都是維持體系A(chǔ)B中A和B的構(gòu)型，但是體系中，A具體由哪些原子，B具體由哪些原子構(gòu)成，這個(gè)就要指定，set就是指定這個(gè)。 如果我們知道了上述定義，那么其實(shí)手工計(jì)算差分電荷也是可以實(shí)現(xiàn)的。只是本人對(duì)CASTEP輸出的check文件實(shí)在是破解不能。。。有個(gè)工具叫check2xsf似乎可以轉(zhuǎn)化成cub或是其他格式，這樣也許可以輸出文本文件用origin作圖。如果不限定作圖方式，可以通過(guò)在MS下建立Slice調(diào)整大小后直接截圖即可。 |
2樓2014-09-30 21:05:59
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我知道了，sets of atoms定義的叫分子片段，剩余的部分肯能認(rèn)為是另一個(gè)部分。計(jì)算electron density difference時(shí)，可以計(jì)算出這兩個(gè)或多個(gè)部分組合和分離前后的電荷密度差，也就是我前面給的圖。是這個(gè)意思吧。不過(guò)我有個(gè)小疑問(wèn)，分子片段間分開后，各個(gè)片段構(gòu)型是不變的，而真實(shí)情況則是各個(gè)片段發(fā)生吸附或反應(yīng)前后，構(gòu)型是發(fā)生變化的。那這樣得到的電荷差還有什么意思，比的不是真實(shí)過(guò)程的前后？ [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
3樓2014-09-30 22:56:13
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1、你可嘗試做差分電荷的等值面，類似于電荷密度或前線軌道的等值面那樣，然后選擇合適的角度截圖。 2、electron density difference就可以直接大致判斷共價(jià)、離子性的特征。布居分析是分析原子電荷的。估計(jì)電荷偏向除了布居分析也可以通過(guò)電負(fù)性均衡原理。 布居分析多種多樣，沒(méi)啥統(tǒng)一性。常規(guī)的布居分析操作從簡(jiǎn)單的例子來(lái)看，兩原子成鍵，一部分電荷幾乎維持原來(lái)的狀態(tài)，一部分游離于兩原子間，這些被共用的電子按照布局分析按一定人為形式劃分歸屬到某個(gè)原子，有時(shí)候未必完全具有合理性，但容易定量化，對(duì)應(yīng)著電荷密度分布。 |
6樓2014-10-01 00:22:31
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木蟲論壇有個(gè)叫check2xsf的插件，http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=5406515&fpage=1&target=blank 你可以下載后（源碼的話要編譯），之后按照使用說(shuō)明轉(zhuǎn)換格式即可。對(duì)于*.check格式本身是加密的，我就不了解了。另外check文件本身是隱藏的（沒(méi)記錯(cuò)的話）。 |
24樓2014-10-03 21:02:58
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在化學(xué)里面有個(gè)詞叫basis set翻譯過(guò)來(lái)叫基組。這里面也是這個(gè)意思，指的是單原子的軌道函數(shù)。 樓主說(shuō)的就是電荷密度的一些加加減減，這個(gè)現(xiàn)成的MS是做不了的。推薦vasp。處理一下CHGCAR就行了。 |
8樓2014-10-02 19:19:38
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