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starrywang新蟲 (正式寫手)
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Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人參與
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如題，我知道如何設(shè)置sets of atoms ，但是不知道這個是什么意思，算出來的結(jié)果我也看不懂，好像有兩個單獨的castep文件。 另外求教一下下面的圖怎么畫。該文計算了表面有無吸附物前后的電荷差，然后畫出圖形。請問，這個電荷是通過什么得到的，光是population的數(shù)據(jù)是畫不出來的吧。 |
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 差分電荷密度 | 計算化學 |
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差分電荷密度（二次差分，兩片段間相互作用前后的電荷密度差）需要指定兩個片段具體是那些原子。 差分電荷的定義是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分別都是維持體系A(chǔ)B中A和B的構(gòu)型，但是體系中，A具體由哪些原子，B具體由哪些原子構(gòu)成，這個就要指定，set就是指定這個。 如果我們知道了上述定義，那么其實手工計算差分電荷也是可以實現(xiàn)的。只是本人對CASTEP輸出的check文件實在是破解不能。。。有個工具叫check2xsf似乎可以轉(zhuǎn)化成cub或是其他格式，這樣也許可以輸出文本文件用origin作圖。如果不限定作圖方式，可以通過在MS下建立Slice調(diào)整大小后直接截圖即可。 |
2樓2014-09-30 21:05:59
starrywang
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1、你可嘗試做差分電荷的等值面，類似于電荷密度或前線軌道的等值面那樣，然后選擇合適的角度截圖。 2、electron density difference就可以直接大致判斷共價、離子性的特征。布居分析是分析原子電荷的。估計電荷偏向除了布居分析也可以通過電負性均衡原理。 布居分析多種多樣，沒啥統(tǒng)一性。常規(guī)的布居分析操作從簡單的例子來看，兩原子成鍵，一部分電荷幾乎維持原來的狀態(tài)，一部分游離于兩原子間，這些被共用的電子按照布局分析按一定人為形式劃分歸屬到某個原子，有時候未必完全具有合理性，但容易定量化，對應著電荷密度分布。 |
6樓2014-10-01 00:22:31
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木蟲論壇有個叫check2xsf的插件，http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=5406515&fpage=1&target=blank 你可以下載后（源碼的話要編譯），之后按照使用說明轉(zhuǎn)換格式即可。對于*.check格式本身是加密的，我就不了解了。另外check文件本身是隱藏的（沒記錯的話）。 |
24樓2014-10-03 21:02:58
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10樓2014-10-02 21:30:18
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