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starrywang新蟲 (正式寫手)
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[求助]
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人參與
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如題，我知道如何設(shè)置sets of atoms ，但是不知道這個(gè)是什么意思，算出來的結(jié)果我也看不懂，好像有兩個(gè)單獨(dú)的castep文件。 另外求教一下下面的圖怎么畫。該文計(jì)算了表面有無吸附物前后的電荷差，然后畫出圖形。請(qǐng)問，這個(gè)電荷是通過什么得到的，光是population的數(shù)據(jù)是畫不出來的吧。 |
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 差分電荷密度 | 計(jì)算化學(xué) |
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9樓2014-10-02 20:42:35
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franch: 金幣+4, 謝謝回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
franch: 金幣+4, 謝謝回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
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差分電荷密度（二次差分，兩片段間相互作用前后的電荷密度差）需要指定兩個(gè)片段具體是那些原子。 差分電荷的定義是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分別都是維持體系A(chǔ)B中A和B的構(gòu)型，但是體系中，A具體由哪些原子，B具體由哪些原子構(gòu)成，這個(gè)就要指定，set就是指定這個(gè)。 如果我們知道了上述定義，那么其實(shí)手工計(jì)算差分電荷也是可以實(shí)現(xiàn)的。只是本人對(duì)CASTEP輸出的check文件實(shí)在是破解不能。。。有個(gè)工具叫check2xsf似乎可以轉(zhuǎn)化成cub或是其他格式，這樣也許可以輸出文本文件用origin作圖。如果不限定作圖方式，可以通過在MS下建立Slice調(diào)整大小后直接截圖即可。 |
2樓2014-09-30 21:05:59
starrywang
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我知道了，sets of atoms定義的叫分子片段，剩余的部分肯能認(rèn)為是另一個(gè)部分。計(jì)算electron density difference時(shí)，可以計(jì)算出這兩個(gè)或多個(gè)部分組合和分離前后的電荷密度差，也就是我前面給的圖。是這個(gè)意思吧。不過我有個(gè)小疑問，分子片段間分開后，各個(gè)片段構(gòu)型是不變的，而真實(shí)情況則是各個(gè)片段發(fā)生吸附或反應(yīng)前后，構(gòu)型是發(fā)生變化的。那這樣得到的電荷差還有什么意思，比的不是真實(shí)過程的前后？ [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
3樓2014-09-30 22:56:13
starrywang
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4樓2014-09-30 23:04:30
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