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sfycong新蟲 (初入文壇)
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[交流]
用Dmol3里的Cosmo模型計(jì)算sigma——profile的問題 已有1人參與
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我現(xiàn)在用的是MS7.0，最近一直在用dmol3里的Cosmo計(jì)算分子的sigma--profile，但發(fā)現(xiàn)現(xiàn)在的新版本的Cosmo里的計(jì)算方法默認(rèn)為ibs,這和老方法有什么區(qū)別，和老方法相比算出的結(jié)果會(huì)不會(huì)有很大的差別？ 1、我用MS7.0算水分子的sigma--profile，沒有修改input文件，計(jì)算結(jié)果和文獻(xiàn)上用guass和Cosmothermo軟件算出來的有很大的差別。那到底應(yīng)不應(yīng)該修改input文件，我列出我計(jì)算水的sigma--profile修改的input文件，如下： # Task parameters Calculate energy Symmetry off Max_memory 10480 File_usage smart # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp basis_version basfile_v4.4 Pseudopotential none Functional vwn-bp Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 5.5000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-005 Scf_charge_mixing 2.0000e-001 Scf_iterations 500 Scf_diis 6 pulay Cosmo ibs COSMO_Dielectric 78.5400 Water # COSMO Environment Keywords Cosmo_Grid_Size 1082 Cosmo_Segments 92 Cosmo_Solvent_Radius 1.300000 Cosmo_A-Matrix_Cutoff 7.000000 Cosmo_RadCorr_Incr 0.000000 Cosmo_Radii(units) angstrom 1 1.300000 2 1.720000 3 1.300000 這樣的input文件有沒有什么問題？算出來的sigma--profile的圖片已上傳。 2.我要用Cosmo計(jì)算一些金屬離子的sigma--profile，是不是直接建單個(gè)離子的模型直接計(jì)算還是要考慮離子的水化問題建水化離子模型在來計(jì)算？ 3.文獻(xiàn)上列出的Cosmo半徑，比如說：C:2.00A,H:1.30A,O:1.72A,Li+=1.750A,Na+=1.862A,這些半徑該怎么用？ 我現(xiàn)在就是因?yàn)樗鉺igma--profile的問題犯愁啊，不知問題出在哪里，真心希望得到各位大神的指導(dǎo)，本人將不勝感激。 |
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2014-10-14 10:56:37, 950.05 K
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1、有區(qū)別，兩種方法再劃分溶劑空洞的時(shí)候形狀應(yīng)該是有些不同的。除了溶劑化不同，4.0以前、4.1和5.5以后的版本計(jì)算方法也稍有差異，請(qǐng)注意help文檔中的MS40_Compat以及MS41_Compat關(guān)鍵詞。 2、一些金屬離子與水分子的作用是比較明顯的化學(xué)鍵，具有明確的方向性，這種通過“自洽反應(yīng)場”將水的構(gòu)型、物性等平均化卻不具備這樣的方向性，至少內(nèi)氛配位的幾個(gè)水分子要考慮顯式。 3、這個(gè)半徑要是沒記錯(cuò)的話應(yīng)該是決定孔洞面積的吧。實(shí)際溶劑化模型的操作無非是將溶質(zhì)外部罩上一個(gè)孔洞，計(jì)算這個(gè)孔洞和溶質(zhì)的電荷作用。Gaussian的溶劑化模型還是有有些不同的，雖然cpcm和cosmol是一樣的，但是很多內(nèi)置參數(shù)的區(qū)別因?yàn)槭诸^資料有限，我不是很了解。印象中Gaussian的溶劑參數(shù)是指定計(jì)算級(jí)別確定的，如uff、hf和pbe0水平的溶劑信息。 至于這些半徑你可以進(jìn)行指定，如你的input文件中這一行： Cosmo_Radii(units) angstrom 下面指定原子的編號(hào)及其對(duì)應(yīng)的溶劑化半徑即可。 另外想要精確的話 Cosmo_Grid_Size 1082 Cosmo_Segments 92 格點(diǎn)和面元片段也要充分。 |
2樓2014-10-14 14:07:08
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