 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2292 | 回復(fù): 4 | |||
Prion飛飛銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
【急求】Autodock4.2.6 的binding energy和inhib_constant的關(guān)系 已有2人參與
|
|
大家好！ 我用Autodock做docking后，分析docking結(jié)果時發(fā)現(xiàn)顯示的conformation information跟ADT tutorial的界面不一樣，沒有顯示docking energy（圖1）。 根據(jù)Tutorial，inhib_constant（Ki）應(yīng)該是由docking energy（deltaG）計算出來的，Ki=exp((deltaG*1000.)/(Rcal*TK), Rcal=1.98719，TK=298.15。但我拿binding energy值和取對數(shù)的inhib_constant（pKi）去擬合，發(fā)現(xiàn)很強的線性相關(guān)關(guān)系（圖2），好像inhib_constant是從binding energy計算出來的。于是又按照上面那條公式，把deltaG換成binding energy 去計算inhib_constant，得到的值差不多，但也不完全對得上。所以我就糊了。。。 從tutorial上看，binding energy和docking energy是不一樣的呀。怎么會這樣~到底binding energy, docking energy 和 inhib_constant 是什么關(guān)系？  binding free energy 又是神馬。。。請大家?guī)臀遗宄桑ㄟ�蠻急的）~~謝謝啦~~ conformation information.png corrlationship between binding energy and pKi.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
308求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
285求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
考研生物與醫(yī)藥調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
08開頭看過來�。�！
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
086000調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070300化學(xué)專業(yè)279調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
本2一志愿C9-333分，材料科學(xué)與工程，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
328求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請問計算小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 請教碘化鉛中碘 3d5/2 binding energy
已經(jīng)有3人回復(fù)
- binding energy怎么這么大？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 分子對接及打分函數(shù)
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 用AutoDock對接的結(jié)合能較小，可能是什么原因？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】能夠計算結(jié)合自由能的分子對接軟件除了autodock還有哪些？
已經(jīng)有7人回復(fù)
2樓2014-10-31 14:29:42
Prion飛飛
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 147.5
- 帖子: 47
- 在線: 11.4小時
- 蟲號: 2849698
- 注冊: 2013-12-05
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
|
就是說binding energy跟inhib_constant直接相關(guān)嗎？ 說明書上說： binding energy is the sum of the intermolecular energy and the torsional free-energy penalty. docking energy is the sum of the intermolecular energy and the ligand's internal energy. docking energy和binding energy 應(yīng)該是不一樣的呀。 inhib_constant是從docking energy計算出來的，所以不應(yīng)該跟binding energy有這么強的相關(guān)關(guān)系吧？ 難道binding energy跟docking energy之間就有很強的相關(guān)性？ 謝謝啦~~  |
3樓2014-10-31 19:11:51
分迪科技
鐵蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 85.1
- 帖子: 17
- 在線: 5.3小時
- 蟲號: 3506859
- 注冊: 2014-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計與藥物信息
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
你可以看看Autodock的中文教程，里面有關(guān)打分函數(shù)的詳細(xì)描述。 http://bioms.org/forum.php?mod=v ... ;amp;extra=page%3D1 |
4樓2014-11-01 22:05:11
944560637
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1812.6
- 紅花: 3
- 帖子: 847
- 在線: 81.9小時
- 蟲號: 1111174
- 注冊: 2010-09-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
5樓2015-03-28 10:23:37
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 Prion飛飛 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +8 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +15 | zhubinhao 2026-03-27 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +5 | liziyeyeye 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | hyl3153942 2026-03-29 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 生物考研337分求調(diào)劑 +4 | cgxin 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +3 | 呼吸都是減肥 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑 +5 | 小張zxy張 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 本科211總分289，08工學(xué)真心求調(diào)劑 +3 | utopiaE 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +5 | 王了個楠 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +10 | 爭取九點睡 2026-03-30 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085602 化學(xué)工程專碩 340分求調(diào)劑 +4 | qianbai11 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +6 | 小懶蟲不懶了 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑 +5 | 篤行致遠(yuǎn). 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +7 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿 西北大學(xué) 總分282 英語一62 求調(diào)劑
+7
|
18419759900 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | hanamiko 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|