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Prion飛飛銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
【急求】Autodock4.2.6 的binding energy和inhib_constant的關(guān)系 已有2人參與
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大家好！ 我用Autodock做docking后，分析docking結(jié)果時發(fā)現(xiàn)顯示的conformation information跟ADT tutorial的界面不一樣，沒有顯示docking energy（圖1）。 根據(jù)Tutorial，inhib_constant（Ki）應(yīng)該是由docking energy（deltaG）計(jì)算出來的，Ki=exp((deltaG*1000.)/(Rcal*TK), Rcal=1.98719，TK=298.15。但我拿binding energy值和取對數(shù)的inhib_constant（pKi）去擬合，發(fā)現(xiàn)很強(qiáng)的線性相關(guān)關(guān)系（圖2），好像inhib_constant是從binding energy計(jì)算出來的。于是又按照上面那條公式，把deltaG換成binding energy 去計(jì)算inhib_constant，得到的值差不多，但也不完全對得上。所以我就糊了。。。 從tutorial上看，binding energy和docking energy是不一樣的呀。怎么會這樣~到底binding energy, docking energy 和 inhib_constant 是什么關(guān)系？  binding free energy 又是神馬。。。請大家?guī)臀遗宄桑ㄟ�蠻急的）~~謝謝啦~~ conformation information.png corrlationship between binding energy and pKi.png |
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分迪科技
鐵蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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你可以看看Autodock的中文教程，里面有關(guān)打分函數(shù)的詳細(xì)描述。 http://bioms.org/forum.php?mod=v ... ;amp;extra=page%3D1 |
4樓2014-11-01 22:05:11
2樓2014-10-31 14:29:42
Prion飛飛
銅蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
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就是說binding energy跟inhib_constant直接相關(guān)嗎？ 說明書上說： binding energy is the sum of the intermolecular energy and the torsional free-energy penalty. docking energy is the sum of the intermolecular energy and the ligand's internal energy. docking energy和binding energy 應(yīng)該是不一樣的呀。 inhib_constant是從docking energy計(jì)算出來的，所以不應(yīng)該跟binding energy有這么強(qiáng)的相關(guān)關(guān)系吧？ 難道binding energy跟docking energy之間就有很強(qiáng)的相關(guān)性？ 謝謝啦~~  |
3樓2014-10-31 19:11:51
944560637
木蟲 (正式寫手)
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5樓2015-03-28 10:23:37
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