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zhangdi6802銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請問計算小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 已有5人參與
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| 各位前輩：請問計算分析小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 非常感謝！ |
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4樓2014-06-23 10:24:22
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我想你指的結(jié)合情況大概包含兩方面的含義：1）小分子在蛋白質(zhì)中的結(jié)合構(gòu)象，這個任務(wù)主要是分子對接（molecular docking）；2）小分子與蛋白質(zhì)結(jié)合自由能的計算，總體來說分子對接軟件中內(nèi)置的打分函數(shù)（scoring function）差強人意。準確度更高的打分函數(shù)需要對去溶劑化（desolvation）效果更精確的計算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是計算時間也更長。此外基于分子動力模擬（MD）的方法也能提供較為準確的結(jié)果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的計算。 就分子對接而言，可以試試最近一款新的軟件LeDock，有Windows版本的圖形界面，網(wǎng)上有詳細的教程，十分簡單，無需對蛋白以及小分子進行復(fù)雜、煩人的預(yù)處理。對接速度快，準確度在90%以上。下載地址：www.lephar.com 最近發(fā)現(xiàn)國內(nèi)很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最為廣泛的對接軟件，大概是因為是最早開源的學(xué)術(shù)軟件。但是該軟件的對接準確率只有40%，而耗時確又額外的長，是他們實驗室另外一款軟件Vina的10-100倍。Autodock與Vina的具體性能比較可參考Vina的文章，Vina的準確率在80%左右。建議用Autodock的朋友轉(zhuǎn)用Vina。 |
5樓2014-06-26 02:43:53
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2樓2014-06-22 19:14:01
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3樓2014-06-22 19:39:52
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9樓2014-06-26 09:40:11
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10樓2014-06-26 14:53:06
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