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zhangdi6802銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)計(jì)算小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 已有5人參與
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| 各位前輩：請(qǐng)問(wèn)計(jì)算分析小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 非常感謝！ |
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664326424
金蟲 (小有名氣)
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3樓2014-06-22 19:39:52
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangdi6802: 金幣+2, ★有幫助 2014-06-23 13:12:49
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-25 13:54:20
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zhangdi6802: 金幣+2, ★有幫助 2014-06-23 13:12:49
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2樓2014-06-22 19:14:01
4樓2014-06-23 10:24:22
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我想你指的結(jié)合情況大概包含兩方面的含義：1）小分子在蛋白質(zhì)中的結(jié)合構(gòu)象，這個(gè)任務(wù)主要是分子對(duì)接（molecular docking）；2）小分子與蛋白質(zhì)結(jié)合自由能的計(jì)算，總體來(lái)說(shuō)分子對(duì)接軟件中內(nèi)置的打分函數(shù)（scoring function）差強(qiáng)人意。準(zhǔn)確度更高的打分函數(shù)需要對(duì)去溶劑化（desolvation）效果更精確的計(jì)算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是計(jì)算時(shí)間也更長(zhǎng)。此外基于分子動(dòng)力模擬（MD）的方法也能提供較為準(zhǔn)確的結(jié)果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的計(jì)算。 就分子對(duì)接而言，可以試試最近一款新的軟件LeDock，有Windows版本的圖形界面，網(wǎng)上有詳細(xì)的教程，十分簡(jiǎn)單，無(wú)需對(duì)蛋白以及小分子進(jìn)行復(fù)雜、煩人的預(yù)處理。對(duì)接速度快，準(zhǔn)確度在90%以上。下載地址：www.lephar.com 最近發(fā)現(xiàn)國(guó)內(nèi)很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最為廣泛的對(duì)接軟件，大概是因?yàn)槭亲钤玳_(kāi)源的學(xué)術(shù)軟件。但是該軟件的對(duì)接準(zhǔn)確率只有40%，而耗時(shí)確又額外的長(zhǎng)，是他們實(shí)驗(yàn)室另外一款軟件Vina的10-100倍。Autodock與Vina的具體性能比較可參考Vina的文章，Vina的準(zhǔn)確率在80%左右。建議用Autodock的朋友轉(zhuǎn)用Vina。 |
5樓2014-06-26 02:43:53
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