 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2544 | 回復(fù): 10 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
zhangdi6802銀蟲 (小有名氣)
|
[求助]
請(qǐng)問(wèn)計(jì)算小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 已有5人參與
|
||
| 各位前輩：請(qǐng)問(wèn)計(jì)算分析小分子與蛋白的結(jié)合情況什么軟件比較好？ 非常感謝！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
環(huán)境領(lǐng)域全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26博士申請(qǐng)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 求助，蛋白質(zhì)與生物小分子結(jié)合
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 表達(dá)小分子蛋白有什么技巧
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 小分子蛋白的western blotting注意事項(xiàng)
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 關(guān)于計(jì)算小分子與血清白蛋白結(jié)合距離的問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 請(qǐng)教如何將下載下來(lái)的蛋白中的小分子配體刪掉？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)大小的計(jì)算
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 脂多糖和蛋白分子的對(duì)接用什么軟件好做？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 怎么計(jì)算蛋白的等電點(diǎn)，謝謝
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 蛋白分子建模 小分子化合物畫圖 酶與配體的分子模擬
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 求教小分子與蛋白結(jié)合常數(shù)的測(cè)定方法
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 想問(wèn)一下：用什么軟件可以做小分子在蛋白結(jié)構(gòu)中的運(yùn)動(dòng)視頻？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求助，如何使用Forster能量轉(zhuǎn)移理論計(jì)算藥物小分子與蛋白之間的能量轉(zhuǎn)移��？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 小分子蛋白測(cè)紫外吸光值
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 如何做一個(gè)小分子化合物與蛋白結(jié)構(gòu)的Binding
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助/交流】請(qǐng)問(wèn)如何計(jì)算某融合蛋白的分子量
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】如何測(cè)定蛋白質(zhì)的分子量大小？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助/交流】極小分子與極大分子蛋白的Western Bloting轉(zhuǎn)膜求助！
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】什么軟件可以顯示和統(tǒng)計(jì)蛋白質(zhì)中氫鍵
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助/交流】蛋白質(zhì)分子量計(jì)算
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】哪位能幫忙寫一下DS中小分子和蛋白對(duì)接的方法啊？計(jì)算一下能量什么的？非常感
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】如何實(shí)現(xiàn)兩個(gè)小分子之間的對(duì)接？！
已經(jīng)有15人回復(fù)
|
我想你指的結(jié)合情況大概包含兩方面的含義：1）小分子在蛋白質(zhì)中的結(jié)合構(gòu)象，這個(gè)任務(wù)主要是分子對(duì)接（molecular docking）；2）小分子與蛋白質(zhì)結(jié)合自由能的計(jì)算，總體來(lái)說(shuō)分子對(duì)接軟件中內(nèi)置的打分函數(shù)（scoring function）差強(qiáng)人意。準(zhǔn)確度更高的打分函數(shù)需要對(duì)去溶劑化（desolvation）效果更精確的計(jì)算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是計(jì)算時(shí)間也更長(zhǎng)。此外基于分子動(dòng)力模擬（MD）的方法也能提供較為準(zhǔn)確的結(jié)果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的計(jì)算。 就分子對(duì)接而言，可以試試最近一款新的軟件LeDock，有Windows版本的圖形界面，網(wǎng)上有詳細(xì)的教程，十分簡(jiǎn)單，無(wú)需對(duì)蛋白以及小分子進(jìn)行復(fù)雜、煩人的預(yù)處理。對(duì)接速度快，準(zhǔn)確度在90%以上。下載地址：www.lephar.com 最近發(fā)現(xiàn)國(guó)內(nèi)很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最為廣泛的對(duì)接軟件，大概是因?yàn)槭亲钤玳_源的學(xué)術(shù)軟件。但是該軟件的對(duì)接準(zhǔn)確率只有40%，而耗時(shí)確又額外的長(zhǎng)，是他們實(shí)驗(yàn)室另外一款軟件Vina的10-100倍。Autodock與Vina的具體性能比較可參考Vina的文章，Vina的準(zhǔn)確率在80%左右。建議用Autodock的朋友轉(zhuǎn)用Vina。 |
5樓2014-06-26 02:43:53
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangdi6802: 金幣+2, ★有幫助 2014-06-23 13:12:49
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-25 13:54:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangdi6802: 金幣+2, ★有幫助 2014-06-23 13:12:49
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-25 13:54:20
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-06-22 19:14:01
664326424
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1276.3
- 散金: 98
- 紅花: 1
- 帖子: 155
- 在線: 82.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1119244
- 注冊(cè): 2010-10-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物代謝與藥物動(dòng)力學(xué)
3樓2014-06-22 19:39:52
4樓2014-06-23 10:24:22
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +5 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +6 | 世界首富 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | p asserby. 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +3 | 困于星晨 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[碩博家園] 深圳大學(xué)碩士招生（2026秋，傳感器方向，僅錄取第一志愿） +4 | xujiaoszu 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703 物理化學(xué)調(diào)劑 +3 | 我可以上岸的對(duì)?/a> 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料工程327求調(diào)劑 +3 | xiaohe12w 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【0703化學(xué)調(diào)劑】-一志愿華中師范大學(xué)-六級(jí)475 +5 | Becho359 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工0805材料求調(diào)劑 +7 | mysdl 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +6 | Iuruoh 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 085600英一數(shù)二總分302 前三科235 精通機(jī)器學(xué)習(xí) 一志愿哈工大 +4 | 林yaxin 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +6 | Liyouyumairs 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)考研312分調(diào)劑 +3 | T123 tt 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑，材料、化工皆可 +8 | 蘇打水7777 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑（食品/專碩） +3 | xc321 2026-03-12 | 6/300 |
|