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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » PET擴散模擬
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bruselizj金蟲 (初入文壇)
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[求助]
PET擴散模擬
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做PET擴散MD模擬，建單體不知有沒問題，麻煩大神指點？ 如果沒問題，而我modify/charge/calculate后，跑平衡老報失敗，如下： Cutoff (A) Spline Width (A) Buffer Width (A) vdW 13.00 0.00 0.50 Coulomb 13.00 0.00 0.50 Summation method for vdW : Group based Summation method for Coulomb : Group based Dielectric : 1.00 Energy: Nonbond group size check failed for: group: 0, atom: 9, dist: 6.628267 The group is too large. Repeat the calculation with smaller nonbond groups or a larger cutoff Similar warning messages will not be output again Energy: encountered 690 warnings NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations 請問怎么搞定這個問題？ 下面是我用forcite退火失敗后的提示： 2014/11/04@08:36:54 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR MatServer terminated with unknown error status. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR Error on Job Complete. Study table creation failed. The trajectory is marked as invalid and is unusable. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR Files not removed from server due to previous errors. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal WARN As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived. 這個問題一直解決不了。懇請指教！ 非常感謝. |
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2014-11-04 09:01:48, 1.21 M
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pigrass
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2樓2014-11-04 11:12:51
bruselizj
金蟲 (初入文壇)
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atom based用可以。 現(xiàn)在就想試試group based,你會用嗎? 下面是我建完100聚合度的PET高分子鏈并且修改了OH，用modify/charge/charge group/calculate設定charge groups，再建AC盒子時出現(xiàn)如下錯誤，怎么辦現(xiàn)在？ ERROR: The charge group CG101 is not neutral. The absolute net charge is 0.112e and it should be less than 0.1e 不知怎么讓The absolute net charge（靜電荷）變成neutrual 望指教 |
3樓2014-11-05 20:23:16
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