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也是醉了.銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教關(guān)于 多樣性指數(shù)、聚類分析的方法。 已有1人參與
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我做100個(gè)品種的遺傳多樣性差異分析，每個(gè)品種田間取10株，灌漿中期在每個(gè)小區(qū)中間2行隨機(jī)抽選10株，調(diào)查單株穗數(shù)、株高、主莖穗長、小穗數(shù)、旗葉長、旗 葉寬及倒一節(jié)長，收獲后室內(nèi)調(diào)查主莖穗粒數(shù)、單株粒重和單穗粒重。 多樣性指數(shù)(Shannon，1949)的計(jì)算方法如下：先計(jì)算參試材料總體平均數(shù)(x)和標(biāo)準(zhǔn)差(σ)，然后劃分為10級，從第一級【xi<(x-2σ)】到第10級[xi>(x+2σ)】，每0.5 σ為一級。每一級的相對頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)。多樣性指數(shù)公式為：H’=-Σpi Lnpi，公式中Pi為某性狀第i級別內(nèi)材料份數(shù)占總份數(shù)的百分比，ln為自然對數(shù)。 看了這段話，很多文獻(xiàn)都是用這種方法計(jì)算多樣性指數(shù)，不理解這話的意思，具體怎么操作呢？100個(gè)品種每個(gè)品種10次重復(fù)，參試材料總體平均數(shù)(x)，這個(gè)是啥意思，每個(gè)品種的同一性狀分別求出平均值之后，再用所求的平均值再算一次平均值嗎？從第一級【xi<(x-2σ)】到第10級[xi>(x+2σ)】，每一級的相對頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)，這個(gè)可以用EXCL操作么？怎么操作呢，請大拿指教，萬分感激。 另外需要做聚類分析，關(guān)于聚類分析的方法選擇也存在疑惑，哪種聚類方法都可以嗎，不同方法得出的結(jié)果是否有影響，用DPS做遺傳多樣性聚類哪種方法最常用呢？聚類分析的數(shù)據(jù)是平均值算，還是10次重復(fù)數(shù)值直接錄入計(jì)算呢？ 期待您的解答。 |
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2樓2014-11-05 09:19:33
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【答案】應(yīng)助回帖
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第一，關(guān)于如何操作數(shù)據(jù)分析: 1. 所謂總體平均值就是所有參試個(gè)體的總平均值（X），你先算每個(gè)品種的均值，再算所有品種間的均值，結(jié)果都是一樣的； 2. 標(biāo)準(zhǔn)差(σ)就是先對品種進(jìn)行方差分析，得到表型方差（V），開根號等到標(biāo)準(zhǔn)差σ； 3. 得到以上兩個(gè)值后，計(jì)算每個(gè)品種的均值(xi)； 4. 按照按照公式計(jì)算分級，統(tǒng)計(jì)每一級的品種個(gè)數(shù)； 5. 按照香農(nóng)多樣性指數(shù)計(jì)算多樣性； PS:以上所有步驟都可在EXCEL里進(jìn)行! 第二，關(guān)于聚類： 另關(guān)于聚類的問題，原則上用任何一種方法均可（但你用了哪一種方法得到的聚類圖最好在下面注明），因?yàn)檫@些計(jì)算品種間距離（差異）的幾種方法都是大家公認(rèn)的，當(dāng)然你也可以參考類似文獻(xiàn)采用的得較多的一種方法！ 祝順利！ |
3樓2014-11-05 13:05:45
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4樓2014-11-05 15:36:34
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大哥，我想了一下，還有幾個(gè)不懂的問題，請您指教。 1.標(biāo)準(zhǔn)差是所有品種的某一性狀的總標(biāo)準(zhǔn)差嗎？如果是這樣，那我10株的重復(fù)數(shù)據(jù)，比如單株粒重這一項(xiàng)，我的一個(gè)品種十株一起脫粒，稱重后的重量是10株的重量之和，除以10就可以得到這個(gè)品種的單株粒重的平均值了，貌似不需要進(jìn)行單獨(dú)每一株都稱重，分別記下數(shù)值了？是這樣嗎，這樣是不是也可以做多樣性指數(shù)分析，也就是說品種內(nèi)個(gè)別的性狀不需要進(jìn)行重復(fù)了，我只是要某一個(gè)品種的平均值就行了呢？計(jì)算多樣性指數(shù)，我需要用總體的平均值，每個(gè)品種的平均值，表型方差，標(biāo)準(zhǔn)差，這些我假設(shè)我每個(gè)品種都只有一個(gè)總數(shù)，能算出平均值就能求出吧，是這樣嗎？我之前問的一個(gè)關(guān)于變異系數(shù)的帖子您也指導(dǎo)我了，我可以理解成變異系數(shù)的計(jì)算需要10次重復(fù)數(shù)據(jù)，而多樣性指數(shù)的計(jì)算不需要10次重復(fù)數(shù)據(jù)，只需有均值即可嗎？這是引用的一篇文獻(xiàn)【【從變異系數(shù)可以看出，除小穗數(shù)外，其他5個(gè)性狀均存在較大的變異，其中單株粒重的變異程度最大，其次是單穗粒重。各性狀的變異系數(shù)在不同國家材料間存在明顯差異，智利材料的單穗粒重、墨丙哥材料的小穗數(shù)、千粒重和單株粒重、澳大利亞材料的單株穗數(shù)及俄羅斯材料的穗粒數(shù)變異程度最��；荷蘭材料的單穗粒重和千粒重、中國材料的穗粒數(shù)和單株穗數(shù)及俄羅斯材料的小穗數(shù)和單株粒重變異程度最大。采用6個(gè)性狀變異系數(shù)的平均值評價(jià)不同國家種質(zhì)資源產(chǎn)量綜合性狀的變異大小，其順序?yàn)椋汉商m材料(25．53％)>俄羅斯材料(24．48％)>中國材料(23．47％)>智利材料(22．22％)>澳大利亞材料(19．24％)>墨西哥材料(19．14%)�！俊课倚枰�(jì)算的各性狀的變異系數(shù)到底是您所說表型變異還是遺傳變異呢。換句話說我到底是用各個(gè)品種均值計(jì)算還是用10次重復(fù)數(shù)據(jù)計(jì)算呢？下面還有一個(gè)圖片的附表，請您看一下。 2.關(guān)于這個(gè)【劃分為10級，從第一級【xi<(x-2σ)】到第10級[xi>(x+2σ)】，每0.5σ為一級。每一級的相對頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)�！拷y(tǒng)計(jì)每一級的品種個(gè)數(shù)，比如我100個(gè)品種，第一級有12個(gè)品種，那么Pi就是0.12，用這個(gè)公式H’=-Σpi Lnpi，將Pi帶入，算出第一級的指數(shù)。再統(tǒng)計(jì)余下的9級，將余下的求和，就算出了這個(gè)性狀的多樣性指數(shù)了，這樣操作對嗎？ 3.聚類分析的問題，文獻(xiàn)中聚類方法大多不一致，有用離差平方和法，有用最長、短距離法，還有完全聯(lián)接法的，我該如何選擇聚類方法呢？ 聚類分析是否需要將10次重復(fù)數(shù)據(jù)錄入計(jì)算，還是根據(jù)各個(gè)品種的平均值計(jì)算（我記得好像需要，但是單一的數(shù)據(jù)好像也可以聚類，這個(gè)不太懂..） 問題好多，麻煩您了 截圖.png |
5樓2014-11-05 16:43:36
lqf808
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