 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (4473)
- >考研 (865)
- >導(dǎo)師招生 (813)
- >文獻(xiàn)求助 (210)
- >休閑灌水 (99)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (83)
- >考博 (68)
- >碩博家園 (66)
- >招聘信息布告欄 (63)
- >論文道賀祈福 (49)
- >基金申請(qǐng) (31)
- >博后之家 (27)
- >SciFinder/Reaxys (20)
- >論文投稿 (19)
- >綠色求助(高懸賞) (17)
- >公派出國(guó) (15)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2807 | 回復(fù): 9 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
也是醉了.銅蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
請(qǐng)教關(guān)于 多樣性指數(shù)、聚類分析的方法。 已有1人參與
|
|
|
我做100個(gè)品種的遺傳多樣性差異分析，每個(gè)品種田間取10株，灌漿中期在每個(gè)小區(qū)中間2行隨機(jī)抽選10株，調(diào)查單株穗數(shù)、株高、主莖穗長(zhǎng)、小穗數(shù)、旗葉長(zhǎng)、旗 葉寬及倒一節(jié)長(zhǎng)，收獲后室內(nèi)調(diào)查主莖穗粒數(shù)、單株粒重和單穗粒重。 多樣性指數(shù)(Shannon，1949)的計(jì)算方法如下：先計(jì)算參試材料總體平均數(shù)(x)和標(biāo)準(zhǔn)差(σ)，然后劃分為10級(jí)，從第一級(jí)【xi<(x-2σ)】到第10級(jí)[xi>(x+2σ)】，每0.5 σ為一級(jí)。每一級(jí)的相對(duì)頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)。多樣性指數(shù)公式為：H’=-Σpi Lnpi，公式中Pi為某性狀第i級(jí)別內(nèi)材料份數(shù)占總份數(shù)的百分比，ln為自然對(duì)數(shù)。 看了這段話，很多文獻(xiàn)都是用這種方法計(jì)算多樣性指數(shù)，不理解這話的意思，具體怎么操作呢？100個(gè)品種每個(gè)品種10次重復(fù)，參試材料總體平均數(shù)(x)，這個(gè)是啥意思，每個(gè)品種的同一性狀分別求出平均值之后，再用所求的平均值再算一次平均值嗎？從第一級(jí)【xi<(x-2σ)】到第10級(jí)[xi>(x+2σ)】，每一級(jí)的相對(duì)頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)，這個(gè)可以用EXCL操作么？怎么操作呢，請(qǐng)大拿指教，萬(wàn)分感激。 另外需要做聚類分析，關(guān)于聚類分析的方法選擇也存在疑惑，哪種聚類方法都可以嗎，不同方法得出的結(jié)果是否有影響，用DPS做遺傳多樣性聚類哪種方法最常用呢？聚類分析的數(shù)據(jù)是平均值算，還是10次重復(fù)數(shù)值直接錄入計(jì)算呢？ 期待您的解答。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求b區(qū)院校調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料與化工考研調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
347求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
總分293求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
284求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
359求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
各位老師您好：本人初試372分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
285求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
282求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- K 均值聚類算法（K-means算法）MATLAB實(shí)現(xiàn)及說(shuō)明文檔
已經(jīng)有262人回復(fù)
- gel-pro Analyzer怎么用
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何進(jìn)行聚類分析？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Matlab如何對(duì)多維數(shù)據(jù)的聚類作圖？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- Matlab心得及學(xué)習(xí)方法（不斷更新）
已經(jīng)有26人回復(fù)
- RNA提取后跑膠泳道條帶彌散，有亮帶，請(qǐng)教這是什么原因呢？
已經(jīng)有26人回復(fù)
- matlab如何實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)流聚類過(guò)程模擬的
已經(jīng)有10人回復(fù)
- DGGE條帶聚類分析得到的樹(shù)狀圖橫線上的數(shù)字代表什么意思？有什么意義？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 誰(shuí)用過(guò)Gel-pro analyzer?
已經(jīng)有5人回復(fù)
- DGGE 垂直電泳 灌膠技術(shù) 各位大俠幫幫忙
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 請(qǐng)問(wèn)物種多樣性的分析中布雷柯蒂斯（Bray– Curtis）聚類分析有何優(yōu)點(diǎn)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- biolog的數(shù)據(jù)分析方法
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 利用matlab怎么獲得平均譜圖？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 求助quantity one
已經(jīng)有10人回復(fù)
- Matlab 實(shí)現(xiàn)DGGE電泳圖譜的 泳道多樣性指數(shù)，相似性指數(shù)，泳道聚類分析
已經(jīng)有26人回復(fù)
- 對(duì)SSR等位基因數(shù)、Shannon信息指數(shù)和Nei多樣性指數(shù)的方差分析？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請(qǐng)教微生物群落多樣性指數(shù)分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 如何用quantity one對(duì)DGGE電泳條帶進(jìn)行數(shù)字化
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助TRFLP數(shù)據(jù)分析
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 用Quantity one分析DGGE電泳結(jié)果，如果計(jì)算Shannon多樣性指數(shù)
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助/交流】關(guān)于QUANTITY ONE 軟件的使用
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 生物信息學(xué)專題－生物版，醫(yī)學(xué)版和信息科學(xué)版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復(fù)
也是醉了.
銅蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 119.6
- 帖子: 102
- 在線: 27.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3463116
- 注冊(cè): 2014-10-09
- 專業(yè): 作物種質(zhì)資源與遺傳育種學(xué)
4樓2014-11-05 15:36:34
badman20
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 21 (小學(xué)生)
- 金幣: 2155.5
- 紅花: 9
- 帖子: 167
- 在線: 124.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2696434
- 注冊(cè): 2013-10-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 林木遺傳育種學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
也是醉了.: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的講解 2014-11-05 15:37:07
lqf808: 金幣+5, 很對(duì) 2014-11-05 18:59:29
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
也是醉了.: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的講解 2014-11-05 15:37:07
lqf808: 金幣+5, 很對(duì) 2014-11-05 18:59:29
|
第一，關(guān)于如何操作數(shù)據(jù)分析: 1. 所謂總體平均值就是所有參試個(gè)體的總平均值（X），你先算每個(gè)品種的均值，再算所有品種間的均值，結(jié)果都是一樣的； 2. 標(biāo)準(zhǔn)差(σ)就是先對(duì)品種進(jìn)行方差分析，得到表型方差（V），開(kāi)根號(hào)等到標(biāo)準(zhǔn)差σ； 3. 得到以上兩個(gè)值后，計(jì)算每個(gè)品種的均值(xi)； 4. 按照按照公式計(jì)算分級(jí)，統(tǒng)計(jì)每一級(jí)的品種個(gè)數(shù)； 5. 按照香農(nóng)多樣性指數(shù)計(jì)算多樣性； PS:以上所有步驟都可在EXCEL里進(jìn)行! 第二，關(guān)于聚類： 另關(guān)于聚類的問(wèn)題，原則上用任何一種方法均可（但你用了哪一種方法得到的聚類圖最好在下面注明），因?yàn)檫@些計(jì)算品種間距離（差異）的幾種方法都是大家公認(rèn)的，當(dāng)然你也可以參考類似文獻(xiàn)采用的得較多的一種方法！ 祝順利！ |
3樓2014-11-05 13:05:45
也是醉了.
銅蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 119.6
- 帖子: 102
- 在線: 27.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3463116
- 注冊(cè): 2014-10-09
- 專業(yè): 作物種質(zhì)資源與遺傳育種學(xué)
|
大哥，我想了一下，還有幾個(gè)不懂的問(wèn)題，請(qǐng)您指教。 1.標(biāo)準(zhǔn)差是所有品種的某一性狀的總標(biāo)準(zhǔn)差嗎？如果是這樣，那我10株的重復(fù)數(shù)據(jù)，比如單株粒重這一項(xiàng)，我的一個(gè)品種十株一起脫粒，稱重后的重量是10株的重量之和，除以10就可以得到這個(gè)品種的單株粒重的平均值了，貌似不需要進(jìn)行單獨(dú)每一株都稱重，分別記下數(shù)值了？是這樣嗎，這樣是不是也可以做多樣性指數(shù)分析，也就是說(shuō)品種內(nèi)個(gè)別的性狀不需要進(jìn)行重復(fù)了，我只是要某一個(gè)品種的平均值就行了呢？計(jì)算多樣性指數(shù)，我需要用總體的平均值，每個(gè)品種的平均值，表型方差，標(biāo)準(zhǔn)差，這些我假設(shè)我每個(gè)品種都只有一個(gè)總數(shù)，能算出平均值就能求出吧，是這樣嗎？我之前問(wèn)的一個(gè)關(guān)于變異系數(shù)的帖子您也指導(dǎo)我了，我可以理解成變異系數(shù)的計(jì)算需要10次重復(fù)數(shù)據(jù)，而多樣性指數(shù)的計(jì)算不需要10次重復(fù)數(shù)據(jù)，只需有均值即可嗎？這是引用的一篇文獻(xiàn)【【從變異系數(shù)可以看出，除小穗數(shù)外，其他5個(gè)性狀均存在較大的變異，其中單株粒重的變異程度最大，其次是單穗粒重。各性狀的變異系數(shù)在不同國(guó)家材料間存在明顯差異，智利材料的單穗粒重、墨丙哥材料的小穗數(shù)、千粒重和單株粒重、澳大利亞材料的單株穗數(shù)及俄羅斯材料的穗粒數(shù)變異程度最��；荷蘭材料的單穗粒重和千粒重、中國(guó)材料的穗粒數(shù)和單株穗數(shù)及俄羅斯材料的小穗數(shù)和單株粒重變異程度最大。采用6個(gè)性狀變異系數(shù)的平均值評(píng)價(jià)不同國(guó)家種質(zhì)資源產(chǎn)量綜合性狀的變異大小，其順序?yàn)椋汉商m材料(25．53％)>俄羅斯材料(24．48％)>中國(guó)材料(23．47％)>智利材料(22．22％)>澳大利亞材料(19．24％)>墨西哥材料(19．14%)�！俊课倚枰�(jì)算的各性狀的變異系數(shù)到底是您所說(shuō)表型變異還是遺傳變異呢。換句話說(shuō)我到底是用各個(gè)品種均值計(jì)算還是用10次重復(fù)數(shù)據(jù)計(jì)算呢？下面還有一個(gè)圖片的附表，請(qǐng)您看一下。 2.關(guān)于這個(gè)【劃分為10級(jí)，從第一級(jí)【xi<(x-2σ)】到第10級(jí)[xi>(x+2σ)】，每0.5σ為一級(jí)。每一級(jí)的相對(duì)頻率用于計(jì)算多樣性指數(shù)�！拷y(tǒng)計(jì)每一級(jí)的品種個(gè)數(shù)，比如我100個(gè)品種，第一級(jí)有12個(gè)品種，那么Pi就是0.12，用這個(gè)公式H’=-Σpi Lnpi，將Pi帶入，算出第一級(jí)的指數(shù)。再統(tǒng)計(jì)余下的9級(jí)，將余下的求和，就算出了這個(gè)性狀的多樣性指數(shù)了，這樣操作對(duì)嗎？ 3.聚類分析的問(wèn)題，文獻(xiàn)中聚類方法大多不一致，有用離差平方和法，有用最長(zhǎng)、短距離法，還有完全聯(lián)接法的，我該如何選擇聚類方法呢？ 聚類分析是否需要將10次重復(fù)數(shù)據(jù)錄入計(jì)算，還是根據(jù)各個(gè)品種的平均值計(jì)算（我記得好像需要，但是單一的數(shù)據(jù)好像也可以聚類，這個(gè)不太懂..） 問(wèn)題好多，麻煩您了 截圖.png |
5樓2014-11-05 16:43:36
lqf808
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
都市農(nóng)夫
- 農(nóng)林EPI: 2
- 應(yīng)助: 233 (大學(xué)生)
- 貴賓: 0.057
- 金幣: 41.7
- 散金: 31
- 紅花: 40
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2542
- 在線: 410.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 246472
- 注冊(cè): 2006-04-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 設(shè)施園藝學(xué)
6樓2014-11-05 19:00:44
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +4 | jj涌77 2026-03-25 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +4 | Koxui 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二 +3 | 鋼鐵大炮 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 306求0703調(diào)劑一志愿華中師范 +10 | 紙魚(yú)ly 2026-03-21 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工 264分各科過(guò)A區(qū)國(guó)家線 +3 | 哈哈157349 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +4 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)教下大家 2026年國(guó)家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿陜師大生物學(xué)071000，298分，求調(diào)劑 +3 | SYA！ 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | ALULU4408 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學(xué)085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑 +5 | 葵梓衛(wèi)隊(duì) 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +8 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | Auroracx 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +4 | z1z2z3879 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|