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chinaboy798銀蟲 (小有名氣)
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學(xué)習(xí)lammps 對in文件的一個概述性心得
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寫在開頭： 1.盡量列舉了大部分（幾乎）的命令 2.帶星號命令非常重要，大家在看mannual中命令的解釋的時候可以重點(diǎn)先看帶星號的 3.非斜命令是運(yùn)行一個 常用 模擬所必備的 4.命令順序?yàn)橐粋�基本的腳本文件命令順序，骨架如此 5.我主要是做金屬的，所以其他方向的希望有一個借鑒作用，大同小異 6.對于初學(xué)者切不可認(rèn)為in文件就是這個固定順序，其實(shí)正常模擬過程中做平衡、以及隨后的運(yùn)行在某些階段都會重復(fù)使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循環(huán)，等等等 7.本文的目的旨在讓初學(xué)者對in文件有一個總體的把握，希望對新手入門有幫助 8.括號里為這個命令的默認(rèn)值，我列舉的是在使用過程中比較關(guān)心的默認(rèn)值 9.純屬個人學(xué)習(xí)心得，希望大家多多指點(diǎn)討論 10.復(fù)制的時候希望能留下足跡，如果覺得哪里有問題，隨時回來討論！方便其他人學(xué)習(xí)！ 11.對in文件通俗點(diǎn)的理解就像洗衣服，洗衣機(jī)就是lammps的主程序，這個in文件就是在設(shè)定怎么洗衣服 ----------------------------------Initialization基本模擬系統(tǒng)設(shè)置------------------------- units (lj) ** 單位系統(tǒng) boundary (ppp) ** 邊界條件 atom_style (atomic) ** 粒子類型 atom_modify * 粒子類型調(diào)整，，，凡是后面帶一個modify的，都是對頭命令的補(bǔ)充修改 newton (on) processors dimension (3) * 維數(shù) ------------------------------Atom definition---這一組命令主要用來構(gòu)建模擬模型的--------------- lattice ** 晶格參數(shù) region ** 選擇一個區(qū)域 create_box ** 創(chuàng)建一個盒子 create_atoms ** 創(chuàng)建原子 group, ** 給原子分組 delete_atoms,** 刪除某些原子 delete_bonds, displace_atoms,* 移動某些原子 replicate* 將已經(jīng)構(gòu)建的模型在三維重復(fù)復(fù)制放大 read_data***這個命令就是用來讀取其他軟件建的模型的 read_restart* 以之前運(yùn)行的結(jié)果作為這次計算的初始構(gòu)型 ---------------------------------------Potencial---定義粒子相互作用勢------------------------------ pair_style** 勢函數(shù)類型 pair_coeff,** 勢函數(shù)文件名（一般這個文件放在與此in文件的同一個目錄下） pair_modify** 此后的13命令對做高分子及無機(jī)非的模擬的需要額外關(guān)注 pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds ----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截斷半徑相關(guān)的設(shè)置 neigh_modify, ** timestep,** 模擬的步長 compute, *** ！定義計算，一般我們需要的輸出數(shù)據(jù)就需要這個命令來定義 uncompute * 取消某個compute設(shè)置 variable**這個命令可以多次使用，定義一個變量 reset_timestep, ** 步長計數(shù)器清零，有多個run命令的需注意這個 run_style, 配套run的，不一定需要 compute_modify *配套compute的 ---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 結(jié)構(gòu)優(yōu)化，注意和熱力學(xué)平衡區(qū)分開來 minimize,** min_style, ** min_modify ** ---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 這個命令相當(dāng)重要 多的不說，看手冊 unfix 取消某個fix設(shè)置 fix_modify, ------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 輸出數(shù)據(jù)，輸出的為單個原子的信息，可視化就用它 undump,* 取消某個dump設(shè)置 thermo, ** 輸出全局?jǐn)?shù)據(jù)，比如溫度，壓強(qiáng)，長度，總能量等 thermo_style,* 配套thermo的 thermo_modify,* （后面的都是輸出一些數(shù)據(jù)類型，我一般沒怎么用，具體需要的可以單獨(dú)自己了解） dump image, dump_modify, dump movie, restart, *輸出restart文件，對應(yīng)前面read-restart，data文件只有原子坐標(biāo)，restart含有部分計算信息 write_data, *將當(dāng)前模型輸出為一個data文件，對應(yīng)之前的read-data， write_dump, write_restart* ------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- run, ***這個命令出現(xiàn)之后，模擬才開始進(jìn)行計算，前面的都是在設(shè)置計算過程 change_box, * neb prd, rerun, temper -------------------------------------------Others-------------------------------------------- 這些命令主要可以實(shí)現(xiàn)循環(huán)以及邏輯判斷，通過他們，可以向更復(fù)雜的模擬過程前進(jìn) clear,* log, * echo, if, * include, jump, * label, * next, * print, * shell, |
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