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chinaboy798銀蟲(chóng) (小有名氣)
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學(xué)習(xí)lammps 對(duì)in文件的一個(gè)概述性心得
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寫(xiě)在開(kāi)頭： 1.盡量列舉了大部分（幾乎）的命令 2.帶星號(hào)命令非常重要，大家在看mannual中命令的解釋的時(shí)候可以重點(diǎn)先看帶星號(hào)的 3.非斜命令是運(yùn)行一個(gè) 常用 模擬所必備的 4.命令順序?yàn)橐粋�(gè)基本的腳本文件命令順序，骨架如此 5.我主要是做金屬的，所以其他方向的希望有一個(gè)借鑒作用，大同小異 6.對(duì)于初學(xué)者切不可認(rèn)為in文件就是這個(gè)固定順序，其實(shí)正常模擬過(guò)程中做平衡、以及隨后的運(yùn)行在某些階段都會(huì)重復(fù)使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循環(huán)，等等等 7.本文的目的旨在讓初學(xué)者對(duì)in文件有一個(gè)總體的把握，希望對(duì)新手入門(mén)有幫助 8.括號(hào)里為這個(gè)命令的默認(rèn)值，我列舉的是在使用過(guò)程中比較關(guān)心的默認(rèn)值 9.純屬個(gè)人學(xué)習(xí)心得，希望大家多多指點(diǎn)討論 10.復(fù)制的時(shí)候希望能留下足跡，如果覺(jué)得哪里有問(wèn)題，隨時(shí)回來(lái)討論！方便其他人學(xué)習(xí)！ 11.對(duì)in文件通俗點(diǎn)的理解就像洗衣服，洗衣機(jī)就是lammps的主程序，這個(gè)in文件就是在設(shè)定怎么洗衣服 ----------------------------------Initialization基本模擬系統(tǒng)設(shè)置------------------------- units (lj) ** 單位系統(tǒng) boundary (ppp) ** 邊界條件 atom_style (atomic) ** 粒子類型 atom_modify * 粒子類型調(diào)整，，，凡是后面帶一個(gè)modify的，都是對(duì)頭命令的補(bǔ)充修改 newton (on) processors dimension (3) * 維數(shù) ------------------------------Atom definition---這一組命令主要用來(lái)構(gòu)建模擬模型的--------------- lattice ** 晶格參數(shù) region ** 選擇一個(gè)區(qū)域 create_box ** 創(chuàng)建一個(gè)盒子 create_atoms ** 創(chuàng)建原子 group, ** 給原子分組 delete_atoms,** 刪除某些原子 delete_bonds, displace_atoms,* 移動(dòng)某些原子 replicate* 將已經(jīng)構(gòu)建的模型在三維重復(fù)復(fù)制放大 read_data***這個(gè)命令就是用來(lái)讀取其他軟件建的模型的 read_restart* 以之前運(yùn)行的結(jié)果作為這次計(jì)算的初始構(gòu)型 ---------------------------------------Potencial---定義粒子相互作用勢(shì)------------------------------ pair_style** 勢(shì)函數(shù)類型 pair_coeff,** 勢(shì)函數(shù)文件名（一般這個(gè)文件放在與此in文件的同一個(gè)目錄下） pair_modify** 此后的13命令對(duì)做高分子及無(wú)機(jī)非的模擬的需要額外關(guān)注 pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds ----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截?cái)喟霃较嚓P(guān)的設(shè)置 neigh_modify, ** timestep,** 模擬的步長(zhǎng) compute, *** ！定義計(jì)算，一般我們需要的輸出數(shù)據(jù)就需要這個(gè)命令來(lái)定義 uncompute * 取消某個(gè)compute設(shè)置 variable**這個(gè)命令可以多次使用，定義一個(gè)變量 reset_timestep, ** 步長(zhǎng)計(jì)數(shù)器清零，有多個(gè)run命令的需注意這個(gè) run_style, 配套run的，不一定需要 compute_modify *配套compute的 ---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 結(jié)構(gòu)優(yōu)化，注意和熱力學(xué)平衡區(qū)分開(kāi)來(lái) minimize,** min_style, ** min_modify ** ---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 這個(gè)命令相當(dāng)重要 多的不說(shuō)，看手冊(cè) unfix 取消某個(gè)fix設(shè)置 fix_modify, ------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 輸出數(shù)據(jù)，輸出的為單個(gè)原子的信息，可視化就用它 undump,* 取消某個(gè)dump設(shè)置 thermo, ** 輸出全局?jǐn)?shù)據(jù)，比如溫度，壓強(qiáng)，長(zhǎng)度，總能量等 thermo_style,* 配套thermo的 thermo_modify,* （后面的都是輸出一些數(shù)據(jù)類型，我一般沒(méi)怎么用，具體需要的可以單獨(dú)自己了解） dump image, dump_modify, dump movie, restart, *輸出restart文件，對(duì)應(yīng)前面read-restart，data文件只有原子坐標(biāo)，restart含有部分計(jì)算信息 write_data, *將當(dāng)前模型輸出為一個(gè)data文件，對(duì)應(yīng)之前的read-data， write_dump, write_restart* ------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- run, ***這個(gè)命令出現(xiàn)之后，模擬才開(kāi)始進(jìn)行計(jì)算，前面的都是在設(shè)置計(jì)算過(guò)程 change_box, * neb prd, rerun, temper -------------------------------------------Others-------------------------------------------- 這些命令主要可以實(shí)現(xiàn)循環(huán)以及邏輯判斷，通過(guò)他們，可以向更復(fù)雜的模擬過(guò)程前進(jìn) clear,* log, * echo, if, * include, jump, * label, * next, * print, * shell, |
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8樓2014-12-01 23:44:02
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