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[交流]
請問LAMMPS中可以對體系氫鍵進行計算統(tǒng)計嗎？ 已有5人參與
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首先我想請問一個水的模型，不管是tip3p還是tip4p，選取合適的勢函數(shù)以后力場里面包含了氫鍵作用么？ 建模的時候當然只建立了H-0鍵，但是氫鍵的定義應該是以氧原子為圓心，一定半徑和角度里能找到非H-O鍵連接的H原子就可以吧， 我覺得這個功能LAMMPS計算起來應該不難的， 所以想請問lammps自帶的功能里面有統(tǒng)計氫鍵這樣的命令嗎，比如compute，或者dump里面有相關命令嗎，我手冊貌似沒有發(fā)現(xiàn)不過也可能是我看得不夠仔細 還請大神指點。 又或者用后處理軟件，比如ovito或者vmd來處理lammps的輸出數(shù)據(jù) vmd里面倒是有氫鍵統(tǒng)計，在模型可視化里也有Hbond顯示，但是我輸出的模型（好幾個）既看不到氫鍵，也無法統(tǒng)計出氫鍵數(shù) 不知道是我使用VMD方法不得要領，還是LAMMPS是不考慮氫鍵的？ |
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2樓2014-11-22 20:55:29
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7樓2020-09-05 12:44:13
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