隱刃之釁

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.....

1樓 2014-11-28 23:12:50

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valenhou001

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或者從該腳本工具的作者的主頁(yè)下載，此作者的主頁(yè)上還提供了許多其他的工具腳本：
https://sites.google.com/site/rachelbgetman/Home/resources/files

Scripts

car2cssr -- converts Materials Studio car file to fractional coordinate cssr file
car2mol -- converts Materials Studio car file to mol file
catpdb2arc -- concatenates a pdb file to each image in a Materials Studio arc file
commas -- inserts commas into VASP DOSCAR for parsing
configure_XCrysDen_CRC -- installs XCrysDen on ND CRC computers (from ND CRC)
coordrot -- rotates coordinate system in VASP POSCAR for DOS analysis
gjf2car -- converts PBC Gaussian job file to Materials Studio car file
gjf2cssr -- converts PBC Gaussian job file to fractional coordinates cssr file
grabfreqs -- grabs frequencies from VASP OUTCAR
in2im -- determines whether VASP INCAR is set for NEB or not
makevibDOS -- estimates the DOS of frequencies from VASP OUTCAR
mpdb2arc -- converts multi-image pdb file to Materials Studio arc file
pmachfi -- similar to unix uniq
posheights --
procs_used_CRC -- checks user usage on CRC computers
procs_used_NWICG -- checks user usage on ND NWICG computers
scheights -- gives heights of adsorbates on a surface
singxsf2pdb -- converts single image XCrysDen structure file to pdb file
subvasp_CRC_080925 -- submits VASP on CRC computers
subvasp_CRC_old
subvasp_NWICG -- submits VASP on ND NWICG computers
subvasp_PNNL -- submits VASP on PNNL computers
subvasp_sand
v2xsf -- converts VASP POSCAR to XCrysDen structure file (from XCrysDen website)
vaspgeom -- parses VASP OUTCAR (from WFS research group)
viewmep -- converts POSCAR images from NEB run to a single XDATCAR
viewvibs -- converts frequencies in VASP OUTCAR to a single XDATCAR
xsf2pdb -- converts multi-image XCrysDen structure file to pdb file

Software

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附件 1 : v2xsf

2014-11-29 08:31:33, 16.95 K

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隱刃之釁

2樓2014-11-29 08:33:17

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valenhou001

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隱刃之釁: 金幣+30, ★★★★★最佳答案 2014-11-29 19:54:51

引用回帖:

2樓: Originally posted by valenhou001 at 2014-11-29 09:33:17
見(jiàn)附件！。
或者從該腳本工具的作者的主頁(yè)下載，此作者的主頁(yè)上還提供了許多其他的工具腳本：
https://sites.google.com/site/rachelbgetman/Home/resources/files

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car2cssr -- converts Mater ...

上面的信息需要更正的是v2xsf的作者不是上一個(gè)帖子所提到的主頁(yè)的主人。
v2xsf的作者是:Jens Kunstmann，可惜，此人的主頁(yè)連接不上了。

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3樓2014-11-29 08:38:53

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引用回帖:

2樓: Originally posted by valenhou001 at 2014-11-29 08:33:17
見(jiàn)附件！。
或者從該腳本工具的作者的主頁(yè)下載，此作者的主頁(yè)上還提供了許多其他的工具腳本：
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car2cssr -- converts Mater ...

你好，你能說(shuō)一下怎么運(yùn)行v2xsf嗎？我把CONTCAR和v2xsf放在一個(gè)文件下，然后運(yùn)行./v2xsf.顯示：ERROR:cannot read data in file CINTCAR.

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4樓2014-11-29 14:31:50

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 隱刃之釁 at 2014-11-29 15:31:50
你好，你能說(shuō)一下怎么運(yùn)行v2xsf嗎？我把CONTCAR和v2xsf放在一個(gè)文件下，然后運(yùn)行./v2xsf.顯示：ERROR:cannot read data in file CINTCAR....

這個(gè)v2xsf不支持vasp5.x的CONTCAR和POSCAR，因?yàn)関asp5.x在這兩個(gè)文件中增加了一行以寫(xiě)出每類(lèi)原子的元素名。你將這一行刪掉就可以了。
你遇到的錯(cuò)誤因?yàn)槟愕腃ONTCAR是vasp5.x 產(chǎn)生的。
v2xsf CONTCAR
它將產(chǎn)生CONTCAR.xsf.gz，然后gzip -d CONTCAR.xsf.gz就去掉了.gz后綴。
將CONTCAR.xsf里有關(guān)原子坐標(biāo)所在行的第一列數(shù)字，可能是1, 2, 3, ..., n（n為原子的種類(lèi)數(shù)），將它們分別改為元素名之后，再運(yùn)行命令xcrysden -xsf CONTCAR.xsf來(lái)顯示。

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5樓2014-11-29 17:09:18

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如果你還遇到問(wèn)題，強(qiáng)烈建議你到xcrysden的主頁(yè)上看看有關(guān).xsf格式文件的說(shuō)明。

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6樓2014-11-29 17:13:43

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