版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

水靜花閑

木蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2421.5
帖子: 5
在線: 3.1小時(shí)
蟲號: 2293008
注冊: 2013-02-22
專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[求助] 如何調(diào)整體系在盒子中的位置

研究蛋白質(zhì)的聚集，初始用genbox命令在盒子中加入許多蛋白單體，加入后許多都是在盒子邊界上的，然后跑動(dòng)力學(xué)，結(jié)束后所有單體都已經(jīng)聚集在一起，但仍是位于盒子邊界（聚集體的半徑小于盒子邊長，不存在放不下的情況），這樣雖然在數(shù)據(jù)分析時(shí)因?yàn)槭侵芷谛缘乃钥赡懿粫胁顒e，但用VMD對單個(gè)單體的動(dòng)力學(xué)過程考察時(shí)會很不方便，想問下各位前輩有沒有什么命令或方法可以將聚集體移到盒子中間？當(dāng)然可以的話希望能對整個(gè)軌跡都進(jìn)行修正。

由于從一開始許多單體就是跨邊界的，所以應(yīng)用trjconv -f -s -o -pbc mol -ur compact -center的效果并不理想……

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

323求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
352求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
317求調(diào)劑已經(jīng)有18人回復(fù)
293求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
280分求調(diào)劑一志愿085802 已經(jīng)有7人回復(fù)
0854電子信息求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
263求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)

1樓 2014-12-12 09:42:09

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

智能機(jī)器人

Robot (super robot)

我們都愛小木蟲

找到一些相關(guān)的精華帖子，希望有用哦~

引物GC含量高，怎么調(diào)整PCR體系？已經(jīng)有17人回復(fù)
怎樣用能量和溫度判斷體系達(dá)到收斂了？（600ps水盒子溫度波動(dòng)還很大）已經(jīng)有31人回復(fù)
Amorphous Cell建模問題已經(jīng)有5人回復(fù)
lammps中change_box命令的使用,無法將模擬體系放在模擬盒子中間位置急求~! 已經(jīng)有10人回復(fù)
PCR引物GC含量過低時(shí)候，如何調(diào)整PCR體系？已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】dlpoly跑動(dòng)力學(xué)生成的體系，分散到盒子的頂點(diǎn)上了，這是怎么一回事？應(yīng)該怎么已經(jīng)有5人回復(fù)

點(diǎn)擊這里搜索更多相關(guān)資源

科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主水靜花閑的主題更新