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hunterbleach

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 污染控制化學(xué)

[求助] ms cestep優(yōu)化問題

各位老師，我想建一個有機物在水溶液中吸附到金屬表面的模型，我打算這樣(剛?cè)腴T四天，錯誤疊出，有些地方不知道怎么描述，直接用軟件中的詞來描述）
1.建金屬的晶胞，優(yōu)化，再能量最小化
2建有機分子，優(yōu)化，能量最小化后粘貼到金屬表面真空
3建水盒子
4build layer到金屬表面
整個過程對嗎？還有就是我在有機分子優(yōu)化時，出了問題，教程中是用co吸附到pt表面為例，在晶胞內(nèi)直接add atoms，但是我這個有機物太復(fù)雜了，我是自己在ms中畫出來，重拍后，直接粘貼移動到一個晶胞里的，這樣可行嗎？在準(zhǔn)備CESTEP 優(yōu)化時，發(fā)現(xiàn)一只優(yōu)化不了，是因為分子太復(fù)雜了嗎？就是一個82原子的有機物而已啊。

我之前的過程是把水和有機物放到一個盒子里，再弛豫，build layer到金屬表面，跑完后發(fā)現(xiàn)有機物還是在水中，并未跑到金屬表面去啊。
希望能得到各位老師指導(dǎo)吧

回復(fù)此樓

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1樓 2014-12-19 20:06:22

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