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趙紅霞鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
分子模擬中剛?cè)嵝院陀H水性怎么表示 已有2人參與
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如題，在聚合物鏈中，由于主鏈上是否還帶其它基團(tuán)（如甲基）對宏觀性能影響很大，現(xiàn)在只能猜測是這兩個因素， 一個是鏈的剛?cè)嵝圆灰粯�，另一個是鏈的親水性不一樣，想通過分子模擬來求證，可是要怎么表征呢？ 請大俠指點，金幣好說 |
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ktwyw
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【答案】應(yīng)助回帖
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趙紅霞: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2014-12-26 14:27:44
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關(guān)于在分子模擬里表征高分子鏈的柔順性，你可考慮去計算 （1）二面角內(nèi)旋轉(zhuǎn)位能曲線，這一點fanc232已經(jīng)提到了，表征鏈的靜態(tài)柔順性的重要參數(shù)是旁式與反式的勢能位壘，位壘越低，鏈越柔順； （2）計算鏈的末端距與聚合度的關(guān)系，然后構(gòu)建高斯等效鏈段模型，由此可以得到Flory特征比或者Kuhn鏈段長度，這兩個值越小，鏈越柔順； （3）計算鍵取向的相關(guān)函數(shù)(correlation function of bond orientation), 相關(guān)函數(shù)衰減的越快，鏈越柔順。根據(jù)相關(guān)函數(shù)的衰減你可以可以得到鏈的持久長度，持久長度越小，鏈越柔順。 關(guān)于在分子模擬里表征鏈的水溶性，你可以考慮去計算聚合物和水各自的Hildebrand溶度參數(shù)（solubility parameter）(注：其實這些對于常見高分子，你查表也可以查得到），然后得到Flory-Huggin Chi-parameter, chi值越小，說明聚合物的水溶性與好。 聚合物和蛋白還是不太一樣，我個人覺得fanc232提出的方案可能行不通。 另外，就你給的兩個分子，看上去柔順性和水溶性應(yīng)該都是PAA要比PCA好一點吧，你想通過分子模擬證實這一點么？ |
10樓2014-12-26 14:03:37
趙紅霞
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2樓2014-12-25 18:25:53
ktwyw
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3樓2014-12-25 18:46:12
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4樓2014-12-25 19:00:17
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5樓2014-12-25 19:01:54
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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親水性疏水性，你把沒加甲基的體系，和加了甲基的體系，分別放在溶劑里做個比較徹底的能量最小化，找到它在溶劑里最可能的構(gòu)象，然后分別測一下暴露在溶劑中的親水性基團(tuán)和疏水基團(tuán)的面積，做個比例，二者比較一下大小。 剛?cè)嵝�，你指的是，加入甲基引進(jìn)了空間位阻和其它作用力，有沒有影響鏈的構(gòu)象變化吧。要不你試試在鏈上選幾個重要的可旋轉(zhuǎn)鍵形成的二面角，看看在分子模擬過程中，二面角的范圍有沒有變狹窄，如果是，那估計就是剛性增加柔性減弱了。 NOTE�。∥覜]做過那么多分子動力學(xué)模擬，這就是我一個想法而已，你再跟其他人多商量商量再確定吧。 |
6樓2014-12-26 09:01:43
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7樓2014-12-26 09:16:50
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8樓2014-12-26 09:39:13
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您好，我是生物背景的，而且經(jīng)驗不多，很抱歉在解答您問題的時候沒有跳出我自己的思維圈子。 1.我一直認(rèn)為長鏈化合物放在溶劑里，跟溶劑親和的部位傾向于暴露在外，跟溶劑排斥的部位傾向于互相聚合，被包裹在內(nèi)。就跟蛋白質(zhì)折疊似的。所以我不認(rèn)為所有原子或基團(tuán)都暴露在溶液中，除非聚合物的鏈很短。 2.關(guān)于基團(tuán)的親水面積和疏水面積，我只知道肯定有軟件可以自動計算，比如schrodinger、SYBYL、Discovery Studio之類，這些是我自己常用的分子編輯軟件。樓主可以翻翻自己常用的分子編輯軟件的說明書，找找這個功能應(yīng)該怎么用。 |
9樓2014-12-26 10:46:23
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