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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 共晶分子模擬
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共晶分子模擬
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近期在對一共晶分子模擬文獻進行重現(xiàn)時遇到了許多問題，麻煩各位解答。謝謝！ 原文章為CL-20分子和TATB分子1：1合成共晶，然后對其進行分子動力學模擬。依照文獻，首先建立A分子晶胞和2X2X1超晶胞，然后對超晶胞晶面切割，得到含有8個CL-20分子的晶面，建立真空層。然后用8個TATB分子替換真空層中8個CL-20分子。 問題： 1. 對超晶胞進行晶面切割并建立真空層后，其他分子去哪了？ 2. TATB分子替換CL-20分子后的真空層即為我需要的共晶模型（見圖1）嗎？ 3. 文獻中說要建立CL-20分子中氧元素的徑向分布函數(shù)，但是CL-20分子都已經被TATB分子替換了，無法對CL-20的氧元素進行edit set，文獻中的圖是怎么畫出來的（見圖2）？ 4. 共晶結合能。我對TATB分子替換CL-20分子后的真空層進行優(yōu)化，得到的體系能量為682kcal/mol，單獨的CL-20分子晶胞為-474kcal/mol，單獨TATB分子為-543kcal/mol ，這樣依據(jù)公式“結合能=E（共晶）-E（A）-E（B）得到的為一個正值。但是我看其他文獻用上述公式應該為負值，這是怎么回事？是不是共晶體系做錯了？ 圖1.png 圖2.png |
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2樓2014-12-27 15:43:07
3樓2014-12-27 17:47:23
4樓2014-12-28 10:37:54
leonjay1989
新蟲 (初入文壇)
| 哎。。。。。 |
5樓2014-12-29 11:14:33
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