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leonjay1989新蟲 (初入文壇)
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[求助]
共晶分子模擬
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近期在對(duì)一共晶分子模擬文獻(xiàn)進(jìn)行重現(xiàn)時(shí)遇到了許多問題，麻煩各位解答。謝謝！ 原文章為CL-20分子和TATB分子1：1合成共晶，然后對(duì)其進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬。依照文獻(xiàn)，首先建立A分子晶胞和2X2X1超晶胞，然后對(duì)超晶胞晶面切割，得到含有8個(gè)CL-20分子的晶面，建立真空層。然后用8個(gè)TATB分子替換真空層中8個(gè)CL-20分子。 問題： 1. 對(duì)超晶胞進(jìn)行晶面切割并建立真空層后，其他分子去哪了？ 2. TATB分子替換CL-20分子后的真空層即為我需要的共晶模型（見圖1）嗎？ 3. 文獻(xiàn)中說要建立CL-20分子中氧元素的徑向分布函數(shù)，但是CL-20分子都已經(jīng)被TATB分子替換了，無法對(duì)CL-20的氧元素進(jìn)行edit set，文獻(xiàn)中的圖是怎么畫出來的（見圖2）？ 4. 共晶結(jié)合能。我對(duì)TATB分子替換CL-20分子后的真空層進(jìn)行優(yōu)化，得到的體系能量為682kcal/mol，單獨(dú)的CL-20分子晶胞為-474kcal/mol，單獨(dú)TATB分子為-543kcal/mol ，這樣依據(jù)公式“結(jié)合能=E（共晶）-E（A）-E（B）得到的為一個(gè)正值。但是我看其他文獻(xiàn)用上述公式應(yīng)該為負(fù)值，這是怎么回事？是不是共晶體系做錯(cuò)了？ 圖1.png 圖2.png |
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