 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1622 | 回復(fù): 4 | |||
gn02530640銀蟲 (小有名氣)
|
[求助]
有沒有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子？(NAMD前處理用)
|
|
有沒有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子？(NAMD前處理用，解決初始結(jié)構(gòu)不佳的問題) 如題，小弟我目前正在使用NAMD作研究，在進(jìn)行動力學(xué)模擬前首先當(dāng)然得先將要模擬的分子和溶劑放入盒子內(nèi)。 在此之前我都是使用Material Studio的 Amorphous Cell Tool 模塊來達(dá)成，并且也用了縮盒子的方法。關(guān)于縮盒子，按照師兄傳授給我的觀念是：一開始將盒子的體積設(shè)得比較大(密度較低)，分子會有比較充裕的空間來移動，如此一來初始結(jié)構(gòu)會比較正常，之后再慢慢縮小盒子的體積(也就是提高密度或濃度)，直到和實(shí)驗值吻合為止。 當(dāng)然縮盒子并不是必要的，也是可以在一開始直接調(diào)整成和實(shí)驗值相同的密度，就把分子放進(jìn)盒子內(nèi)。只是依照我個人到目前為止的經(jīng)驗是，不縮盒子得出的初始結(jié)構(gòu)通常不是很好，在進(jìn)行NAMD模擬前的能量最小化步驟時就很容易出現(xiàn) ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1624! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 這樣的錯誤( VDW和TOTAL能量值等等都會變成-9999999999.9999)， 即使加大能量最小化的步數(shù)依舊無法解決。因此在運(yùn)行NAMD動力學(xué)模擬前我還是習(xí)慣先縮盒子。 我的問題在于：我的體系大約2萬多個原子，受限于個人計算器配備的問題，每跑一次Amorphous Cell Tool 都要花上數(shù)個小時，要縮到我想要的密度所耗費(fèi)的時間實(shí)在太長。 因此我目前想試著用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子，不過并不是很順利(有可能是我的方法不對)，想請問各位蟲友我這個想法究竟可不可行?非常感謝  |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 NAMD |
» 猜你喜歡
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 科普貼，紫草、野菜、蜂蜜、涼茶等盡量不要給嬰兒使用（最起碼2歲前不要給）
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 尼龍擠出料條非常粗糙
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 實(shí)驗室安全守則和細(xì)胞工程實(shí)驗操作（淮北師范大學(xué)生命科學(xué)院）
已經(jīng)有33人回復(fù)
- 英國國防部研究出Wi-Fi穿墻雷達(dá)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 新版GMP對廠房設(shè)備的改變
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 群雄逐鹿低價市場--中國數(shù)碼相機(jī)市場2011年第1季度回顧與展望
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 【資源】液相色譜常見問題及處理方法
已經(jīng)有43人回復(fù)
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時
- 蟲號: 1475956
- 注冊: 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2014-12-30 18:49:22
gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 314.5
- 紅花: 1
- 帖子: 139
- 在線: 86.6小時
- 蟲號: 2796302
- 注冊: 2013-11-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
|
首先非常感謝您的回復(fù)。 想向你請教一下幾個問題，縮盒子為什么會是錯誤的呢? 又，我是看了這篇 http://www.gaoyang168.com/html/201107/3351593.html 才想試著用PackMol搭建盒子的，請問有什么不妥的嗎? 最后，你說的「用namd平衡模擬縮盒子」是指逐步縮小cellBasisVector1， cellBasisVector2，cellBasisVector3 的意思嗎? |
3樓2014-12-30 23:22:22
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時
- 蟲號: 1475956
- 注冊: 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gn02530640: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2014-12-31 12:02:46
gn02530640: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2014-12-31 12:02:46
|
只要把控壓打開，盒子就會自己縮小到合適的密度啊 packmol倒是沒有什么不妥。。只是我覺得比較麻煩（不過我想了想，好像也不是很麻煩） 縮盒子的不好之處在于如果溶劑分子比較復(fù)雜的話，短時間內(nèi)可能溶劑體系不會找到最優(yōu)結(jié)構(gòu) 一般的構(gòu)建溶劑盒子的方法是用一個長時間平衡的小盒子通過周期性復(fù)制得到一個更大的盒子，這個可以通過vmd的solvate模塊實(shí)現(xiàn) |
4樓2014-12-31 10:58:24
gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 314.5
- 紅花: 1
- 帖子: 139
- 在線: 86.6小時
- 蟲號: 2796302
- 注冊: 2013-11-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2014-12-31 12:01:23
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 gn02530640 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 濤濤Wjt 2026-03-22 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +4 | 幸運(yùn)的醬醬 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +5 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | Auroracx 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +7 | Tyoumou 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +4 | zxts12 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請]
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
 40+4
|
babangida 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 279分求調(diào)劑 一志愿211 +14 | chaojifeixia 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué) +4 | 順順順mr 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +9 | 梁梁校校 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +5 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +15 | 陌の森林 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學(xué)085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑 +4 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +16 | 于海海海海 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領(lǐng)帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|