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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
有沒有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子？(NAMD前處理用)
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有沒有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子？(NAMD前處理用，解決初始結構不佳的問題) 如題，小弟我目前正在使用NAMD作研究，在進行動力學模擬前首先當然得先將要模擬的分子和溶劑放入盒子內。 在此之前我都是使用Material Studio的 Amorphous Cell Tool 模塊來達成，并且也用了縮盒子的方法。關于縮盒子，按照師兄傳授給我的觀念是：一開始將盒子的體積設得比較大(密度較低)，分子會有比較充裕的空間來移動，如此一來初始結構會比較正常，之后再慢慢縮小盒子的體積(也就是提高密度或濃度)，直到和實驗值吻合為止。 當然縮盒子并不是必要的，也是可以在一開始直接調整成和實驗值相同的密度，就把分子放進盒子內。只是依照我個人到目前為止的經驗是，不縮盒子得出的初始結構通常不是很好，在進行NAMD模擬前的能量最小化步驟時就很容易出現(xiàn) ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1624! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 這樣的錯誤( VDW和TOTAL能量值等等都會變成-9999999999.9999)， 即使加大能量最小化的步數(shù)依舊無法解決。因此在運行NAMD動力學模擬前我還是習慣先縮盒子。 我的問題在于：我的體系大約2萬多個原子，受限于個人計算器配備的問題，每跑一次Amorphous Cell Tool 都要花上數(shù)個小時，要縮到我想要的密度所耗費的時間實在太長。 因此我目前想試著用 Packmol 取代Material Studio來縮盒子，不過并不是很順利(有可能是我的方法不對)，想請問各位蟲友我這個想法究竟可不可行?非常感謝  |
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首先非常感謝您的回復。 想向你請教一下幾個問題，縮盒子為什么會是錯誤的呢? 又，我是看了這篇 http://www.gaoyang168.com/html/201107/3351593.html 才想試著用PackMol搭建盒子的，請問有什么不妥的嗎? 最后，你說的「用namd平衡模擬縮盒子」是指逐步縮小cellBasisVector1， cellBasisVector2，cellBasisVector3 的意思嗎? |
3樓2014-12-30 23:22:22
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4樓2014-12-31 10:58:24
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