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gn02530640銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
有沒(méi)有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來(lái)縮盒子？(NAMD前處理用)
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有沒(méi)有辦法使用 Packmol 取代Material Studio來(lái)縮盒子？(NAMD前處理用，解決初始結(jié)構(gòu)不佳的問(wèn)題) 如題，小弟我目前正在使用NAMD作研究，在進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬前首先當(dāng)然得先將要模擬的分子和溶劑放入盒子內(nèi)。 在此之前我都是使用Material Studio的 Amorphous Cell Tool 模塊來(lái)達(dá)成，并且也用了縮盒子的方法。關(guān)于縮盒子，按照師兄傳授給我的觀念是：一開(kāi)始將盒子的體積設(shè)得比較大(密度較低)，分子會(huì)有比較充裕的空間來(lái)移動(dòng)，如此一來(lái)初始結(jié)構(gòu)會(huì)比較正常，之后再慢慢縮小盒子的體積(也就是提高密度或濃度)，直到和實(shí)驗(yàn)值吻合為止。 當(dāng)然縮盒子并不是必要的，也是可以在一開(kāi)始直接調(diào)整成和實(shí)驗(yàn)值相同的密度，就把分子放進(jìn)盒子內(nèi)。只是依照我個(gè)人到目前為止的經(jīng)驗(yàn)是，不縮盒子得出的初始結(jié)構(gòu)通常不是很好，在進(jìn)行NAMD模擬前的能量最小化步驟時(shí)就很容易出現(xiàn) ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1624! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 這樣的錯(cuò)誤( VDW和TOTAL能量值等等都會(huì)變成-9999999999.9999)， 即使加大能量最小化的步數(shù)依舊無(wú)法解決。因此在運(yùn)行NAMD動(dòng)力學(xué)模擬前我還是習(xí)慣先縮盒子。 我的問(wèn)題在于：我的體系大約2萬(wàn)多個(gè)原子，受限于個(gè)人計(jì)算器配備的問(wèn)題，每跑一次Amorphous Cell Tool 都要花上數(shù)個(gè)小時(shí)，要縮到我想要的密度所耗費(fèi)的時(shí)間實(shí)在太長(zhǎng)。 因此我目前想試著用 Packmol 取代Material Studio來(lái)縮盒子，不過(guò)并不是很順利(有可能是我的方法不對(duì))，想請(qǐng)問(wèn)各位蟲(chóng)友我這個(gè)想法究竟可不可行?非常感謝  |
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gn02530640: 金幣+15, ★★★★★最佳答案 2014-12-31 12:02:46
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只要把控壓打開(kāi)，盒子就會(huì)自己縮小到合適的密度啊 packmol倒是沒(méi)有什么不妥。。只是我覺(jué)得比較麻煩（不過(guò)我想了想，好像也不是很麻煩） 縮盒子的不好之處在于如果溶劑分子比較復(fù)雜的話，短時(shí)間內(nèi)可能溶劑體系不會(huì)找到最優(yōu)結(jié)構(gòu) 一般的構(gòu)建溶劑盒子的方法是用一個(gè)長(zhǎng)時(shí)間平衡的小盒子通過(guò)周期性復(fù)制得到一個(gè)更大的盒子，這個(gè)可以通過(guò)vmd的solvate模塊實(shí)現(xiàn) |
4樓2014-12-31 10:58:24
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2樓2014-12-30 18:49:22
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首先非常感謝您的回復(fù)。 想向你請(qǐng)教一下幾個(gè)問(wèn)題，縮盒子為什么會(huì)是錯(cuò)誤的呢? 又，我是看了這篇 http://www.gaoyang168.com/html/201107/3351593.html 才想試著用PackMol搭建盒子的，請(qǐng)問(wèn)有什么不妥的嗎? 最后，你說(shuō)的「用namd平衡模擬縮盒子」是指逐步縮小cellBasisVector1， cellBasisVector2，cellBasisVector3 的意思嗎? |
3樓2014-12-30 23:22:22
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