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[求助]
Scaffold條數(shù) 大小 全基因組測(cè)序 已有2人參與
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全基因組測(cè)序的結(jié)果出來(lái)了（細(xì)菌，精細(xì)圖），有太多問(wèn)題了，先問(wèn)一個(gè)我最捉急的問(wèn)題 最后scaffold條數(shù)是1條，但是scaffold的長(zhǎng)度和預(yù)測(cè)的基因組的大�。ㄓ肒-mer統(tǒng)計(jì)）差了1M多，那是不是說(shuō)明我的基因組有1M多是沒(méi)有序列的��？  |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shellyxss: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shellyxss: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
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Scaffold數(shù)目少了好 一條就說(shuō)明有一個(gè)完整的 我不太立即你說(shuō)的精細(xì)圖 是算個(gè)組好的DRAFT GENOME還是實(shí)實(shí)在在的COMPLETE GENOME 你看下你Scaffold里面有沒(méi)有空位或者插入N 如果有那就是還沒(méi)填完，真實(shí)基因組其實(shí)會(huì)比這個(gè)大（但是真實(shí)尚不知） 如果你的scaffold就是真實(shí)值 那小了也正常 因?yàn)槟愕腸ontigs里其實(shí)有重復(fù) 在scaffolding的過(guò)程中會(huì)刪掉 所以一般來(lái)說(shuō)scaffolding后的結(jié)果會(huì)比你“原以為的”要小 實(shí)在不確定跟相關(guān)亞種進(jìn)行比較 差個(gè)0.幾M的都很正常 |
4樓2015-01-06 01:22:51
nanhu1984
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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- 專(zhuān)業(yè): 病原細(xì)菌、細(xì)菌感染與宿主
3樓2015-01-05 19:45:22
5樓2015-01-06 08:58:50
6樓2015-01-06 09:10:39
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