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[求助] VASP輸出錯(cuò)誤已有1人參與

用VASP計(jì)算時(shí)，出現(xiàn)mpirun noticed that process rank 0 with PID 9551 on node node2 exited on signal 0 (Unknown signal 0).的錯(cuò)誤，不知道是什么地方出錯(cuò)了，以及怎樣修改錯(cuò)誤，本人新手，請(qǐng)高手詳細(xì)指點(diǎn)，感激不盡啊

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1樓 2015-01-05 19:40:08

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
唐玉婷22: 金幣+25, ★★★很有幫助 2015-05-11 18:01:05

有可能是內(nèi)存限制的問(wèn)題，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
這幾行，source一下，再提交作業(yè)試試

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2樓2015-01-07 08:10:49

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2樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-07 08:10:49
有可能是內(nèi)存限制的問(wèn)題，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
這幾行，source一下，再提交作業(yè)試試

應(yīng)該是內(nèi)存的問(wèn)題，out文件中說(shuō)了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以幫我看看嗎？（在附件中）
還有你說(shuō)的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思，菜鳥(niǎo)一個(gè)，不懂太多，麻煩詳細(xì)說(shuō)一下，感激不盡。

http://kuai.xunlei.com/d/YbzAGAIrEgBaA61Udab

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3樓2015-01-07 18:08:17

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3樓: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-07 18:08:17
應(yīng)該是內(nèi)存的問(wèn)題，out文件中說(shuō)了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以幫我看看嗎？（在附件中）
還有你說(shuō)的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思 ...

warming不用管，由于你計(jì)算體系的原子數(shù)都，建議在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任務(wù)最后為什么被kill，還是認(rèn)為是內(nèi)存原因，因?yàn)槟阍訑?shù)比較多，而.bashrc是linux用來(lái)配置linux環(huán)境的，這個(gè)文件就在家目錄下，剛剛登陸賬號(hào)用ls -a就能看到這個(gè)文件，直接vi修改之就行。修改保存過(guò)后如果不想用source，退出來(lái)重新登錄一次，就可以了，效果是一樣的

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4樓2015-01-07 19:26:31

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4樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-07 19:26:31
warming不用管，由于你計(jì)算體系的原子數(shù)都，建議在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任務(wù)最后為什么被kill，還是認(rèn)為是內(nèi)存原因，因?yàn)槟阍訑?shù)比較多，而.bashrc是linux用來(lái)配置linux環(huán)境的，這個(gè)文件就在家目錄下， ...

1.ulimit -c 改不了啊。。。有權(quán)限吧，可能。
2.請(qǐng)問(wèn)一下這個(gè)又是什么問(wèn)題？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟輸入文件有關(guān)嗎？還是VASP編譯的問(wèn)題？
3.如果內(nèi)存不足應(yīng)該怎么解決？
高手指點(diǎn)啊，拜托拜托。。。

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5樓2015-01-10 11:39:56

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5樓: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 11:39:56
1.ulimit -c 改不了啊。。。有權(quán)限吧，可能。
2.請(qǐng)問(wèn)一下這個(gè)又是什么問(wèn)題？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟輸入文件有關(guān)嗎？還是VASP編譯的問(wèn) ...

你問(wèn)你師兄師姐吧，我認(rèn)為我已經(jīng)很具體地解釋了這個(gè)問(wèn)題，無(wú)法再具體了，要不你來(lái)長(zhǎng)春找我來(lái)，哈哈

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6樓2015-01-10 13:28:40

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6樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-10 13:28:40
你問(wèn)你師兄師姐吧，我認(rèn)為我已經(jīng)很具體地解釋了這個(gè)問(wèn)題，無(wú)法再具體了，要不你來(lái)長(zhǎng)春找我來(lái)，哈哈...

師兄師姐都不是做這方面的。老師也沒(méi)能解決。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)這個(gè)和最開(kāi)始是一樣的錯(cuò)嗎，也是按你上面說(shuō)的解決嗎？

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7樓2015-01-10 13:45:53

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7樓: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 13:45:53
師兄師姐都不是做這方面的。老師也沒(méi)能解決。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)這個(gè)和最開(kāi)始是一樣的錯(cuò)嗎，也是按你上面說(shuō)的解決嗎？...

我暫且認(rèn)為是這樣的，或者是因?yàn)橐恍⿺?shù)學(xué)庫(kù)沒(méi)有加載到環(huán)境變量中

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8樓2015-01-10 16:38:36

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8樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-10 16:38:36
我暫且認(rèn)為是這樣的，或者是因?yàn)橐恍⿺?shù)學(xué)庫(kù)沒(méi)有加載到環(huán)境變量中...

可是做別的測(cè)試都可以正常算啊。是因?yàn)檫@個(gè)體系太大了，原子太多了嗎？這樣應(yīng)該跟編譯環(huán)境無(wú)關(guān)了吧？

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9樓2015-01-12 09:34:48

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9樓: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-12 09:34:48
可是做別的測(cè)試都可以正常算啊。是因?yàn)檫@個(gè)體系太大了，原子太多了嗎？這樣應(yīng)該跟編譯環(huán)境無(wú)關(guān)了吧？...

有關(guān)系，編譯里的Makefile文件會(huì)涉及內(nèi)存分配的問(wèn)題。小體系，需要的內(nèi)存�。淮篌w系，需要的內(nèi)存多。但這個(gè)問(wèn)題可以通過(guò)我以上的方法解決，不用重新編譯。
還有就是，我不會(huì)再回答你的問(wèn)題了

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10樓2015-01-12 12:35:39

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